从2009年起，以青蒿素为基础的药物联合疗法对泰国、柬埔寨等国的一些疟疾明显失效，而在疟疾的重灾区非洲，病人对青蒿素也产生了程度不同的耐药性。这种情况提醒全世界，未来不能只依靠青蒿素一种药物治疗疟疾，还应当有其他药物和疫苗，尤其是后者才可能是解决疟疾在全球蔓延问题乃至根除疟疾的最根本的措施。
其实，疟疾疫苗早在32年前就开始研究了。
1987年，美国沃尔特·里德陆军研究所的研究人员开始研发和测试RTS，S疫苗，但实践证明，由于恶性疟原虫在人体内会发生形态变化，让疫苗诱发的体内免疫反应无法对疟原虫进行有效识别，因此研制出对疟原虫有针对性抗御能力的疫苗非常困难。不过，2015年疟疾疫苗研发有了新突破。一项对15000人的临床试验发现，18个月内接种4次RTS，S疫苗能够使幼儿疟疾的发病率下降36%。
全球范围内，疟疾平均每天导致1200人死亡，每年导致25万儿童死亡，其中绝大多数是非洲儿童。正是由于这个原因，世界卫生组织（WHO）今年4月23日宣布，RTS，S疫苗开始在非洲国家马拉维试点推广，对2岁以下儿童大规模进行接种试验。之后，加纳和肯尼亚也将加入由WHO支持的这项大规模试点项目。预计到2023年，该项目将为超过100万儿童接种RTS，S疫苗。
目前有相当多的专业人员对这种迄今唯一对疟疾有预防效果的疫苗并不表示乐观，毕竟RTS，S疫苗的疟疾预防率不超过40%，且疫苗的部分保护作用会在几年内逐渐消失，同时疫苗的安全性也需要改进。但在进行疫苗试验的国家，政府是普遍欢迎的，因为有疫苗总比没有疫苗强，有一点效果也比没有效果好。
对于疟原虫的耐药性，世界卫生组织也有清醒的认识，并且早在2011年1月12日就发布了《遏制青蒿素耐药性全球计划》的行动纲领，提出了多项措施，包括遏制耐药疟原虫的传播；加强对青蒿素耐药性的监督和监测；规范采取以青蒿素为基础的联合疗法在临床实践中的实施办法；加强对青蒿素耐药性的相关研究，以期开发研究出对耐药疟原虫更加快速有效的检测技术，并研发出可最终取代以青蒿素为基础的联合疗法的新型抗疟药物等。
疟疾疫苗如果能成功，无疑会媲美青蒿素，并极有可能获得诺贝尔奖。不过，在疫苗和新的药物研发出来之前，珍惜和善用青蒿素则是全球最为重要的抗御疟疾的方式。