6月20日，2019自然指数年度榜单（Nature Index 2019 annual tables）正式发布，中国科学院再次位列全球首位。根据此前发布的自然指数数据，中科院已连续7年位列该排行榜全球第一。此次最新的自然指数是基于2018年1月1日至12月31日的统计数据。
该排行榜显示，中科院在全球科研机构综合排名中高居榜首，美国哈佛大学、德国马普学会、法国国家科研中心、美国斯坦福大学分列2至5位。同时，中科院在化学、物理科学、地球与环境科学3个学科领域继续排名第一；在生命科学领域排名全球第5，比上年提升一位。
榜单显示，有43家美国机构和17家中国机构跻身全球100强。其中，中国十家领先的科研机构为中科院（第1）、北京大学（第10）、清华大学（第13）、南京大学（第15）、中国科学技术大学（第17）、中国科学院大学（第24）、浙江大学（第27）、复旦大学（第34）、上海交通大学（第41）、南开大学（第51）。
自然指数数据还显示，美国、中国和德国位居国家排行前3位。根据调整后的2018年分数计量值（FC），排名前10的国家中只有中国和澳大利亚实现了科研产出的正增长。
在过去三年FC值增幅最大的50家机构中，有43家中国机构并且包揽前10位，其中位居前5位的是中国科学院大学、上海交通大学、清华大学、南京大学、四川大学。
化学依然是中国实力最强的学科，有5家机构跻身化学科研产出全球前10，分别是中科院、南京大学、北京大学、清华大学、中国科学技术大学。
2019自然指数年度榜单还首次推出经过归一化计算的大学科研机构榜单，考虑的是一家机构已发表高质量科研论文的数量在其自然科学论文总产出中所占的比例。
自然指数于2014年11月首次发布，目前纳入自然指数统计的期刊数量为82本。自然指数采用多种计算论文产出的方法，其中论文计数（AC）指不论一篇文章有一个还是多个作者，每位作者所在的国家或机构都获得1个AC分值；分数式计量（FC）则考虑了每位论文作者的相对贡献。