“有钱没法花，不花还不行”是不少科研人员使用科研经费时常遇到的窘境。对此，全国政协委员、中国工程院院士陈晓红表示，在下一阶段的科技体制改革中，应进一步优化科研经费管理与运营机制，充分尊重智力成本贡献，释放科研人员的创新活力。科研创新活动本质上是人的活动，具备一定灵活性与发散性。鼓励创新发展，相应的规章制度也应与时俱进。
但在当下，现行的科研经费制度预算管理模式单一、缺乏弹性，间接成本补偿机制不健全，没有充分考虑到在编在职科研人员的智力投入和管理成本。科研经费构成不合理、实际支出与预算不符、项目管理机制不健全、科研人员激励不足等问题依然存在。对此，陈晓红建议，应该从尊重科研规律、以人为本和实事求是的角度，改进预算编制办法。对科研预算实行粗线条管理，预算调剂权限也应逐步下放。
比如允许在编在职科研人员从项目经费中直接提取智力成本补偿。具体操作上，陈晓红建议结合学科特性与实际需求，设定有差别的智力成本补偿比例，如理工类项目智力成本间接经费占比可提高至30%，人文社科类项目可提高至50%。陈晓红还建议，赋予科研人员更多自主权，应精简科研经费使用流程。此外，还应利用好减税政策，进一步激发创新活力。对于前瞻性、战略性、颠覆性的共性技术研究，可采用“政府与市场相结合”的管理模式。