中国科学院（CAS）在中国科技体系中的适当定位问题，从其诞生的那一天起就出现了。人们一直都很关注政府是否应该集中全国的资源去支持中科院的发展。然而，当大学专注于教育、工业研发机构专注于自己部门的问题时，一个中科院这样的机构就显得必不可少。事实上，中科院确实有过辉煌岁月，尤其体现在它对国家战略计划（“两弹一星”）成功的贡献上，中科院也通过这一计划显著带动了学科的发展。
然而，中科院也成为其自身成功的“受害者”，容易受到科技体系其他行业的挑战。
20世纪80年代中期，中国开始科技体制改革，中科院被迫采用“一院两制”战略。也就是说，为了保持其存在的必要性，它不得不鼓励其下属机构参与商业化和与经济直接相关的项目，同时让少数科学家集中在基础研究和全球高新技术发展趋势的跟踪研究上。这一改革的后果是，中科院的整体研究质量和解决基础研究问题的能力受到了削弱。中科院在中国的许多研究机构中被认为既不是独特的，也不是战略性的。
1998年，在路甬祥担任中科院院长期间，国家启动了“知识创新工程”，旨在直接解决中科院未来发展不确定性的问题，并且为其在中国创新体系中的发展注入活力。中科院启动了裁员，以使其下属机构灵活精干、促进科研人员流动起来，从而更好地应对新的挑战。然而，中科院规模缩小的同时，长久以来大量吸收中科院培养的人才或依赖中科院进行重大项目研发的大学和部门不断提升自身的研究能力，这对中科院的存在价值构成了一定的挑战。
作为应对措施，中科院不仅停止了规模缩减，而且明显地扩张了其事业版图，从而转向另一个极端。中科院在一些新兴学科领域和原来没有设立研究机构的城市里，建立了以应用研究为重点的研究机构。例如，苏州纳米技术与纳米仿生研究所就是这样一个由中科院与江苏、苏州市政府共同组建的机构。
很明显，一部分新机构的经费支出并非全部来自公共财政。为了生存，它们不得不与其他组织（包括中科院内的院所）进行竞争，并参与下游应用研究，以及那些明显偏离中科院作为一个“国家队”应担负的使命的研发活动。中科院还与若干省市、地方政府和行业结成联盟，以帮助提高当地经济的技术含量。
目前，由于不断扩张，中科院在全国拥有12个分院，100多家科研院所、7.1万余正式员工，年度预算约为人民币656亿元（95亿美元），其中约一半来自政府拨款。与国内其他科研机构在研究资金和人才上的直接竞争中，中科院不同研究机构中出现了大量重复的研究工作，机构间也缺乏相互合作。科学家薪酬过低，不得不经常靠申请课题来提高他们的收入。
这是整个研究机构和高等教育部门普遍存在的现象，可能给科学家的科研绩效带来负面影响。
中科院的科学家也缺乏追求研究成果转化的兴趣，尽管这不应该是其核心任务。中科院已经拥有世界上最大的研究生院，每年授予大约5000个博士学位，以及更多的硕士学位，但同时又面临着将最优秀和最聪明的本科生招募到自己的研究生院中的困难。为了解决这个问题，除了早期建立的中国科学技术大学之外，中科院在北京和上海成立了两个大学，即中国科学院大学和上海科技大学，2014年开始招生，2018年分别招约400名本科生。
最后但并非最不重要的一点是，中科院功能与使命的多样性已经使得对其整体组织管理，以及对所属研究机构和科学家的绩效评估变得极其困难。中科院的功能涵盖了科学研究、人才培训、战略高科技发展、商业化、院地合作，以及作为智库（包括通过院士）提供政策建议。简言之，中科院体量超大，四方出击，但它又显得笨重，背负着大量历史遗留问题。与此同时，中科院还要不负众望取得具有显示度的成果。
“率先行动计划”俄罗斯科学院的遭遇为中科院带来了警示——俄罗斯科学院的前身为苏联科学院，中科院在很大程度上就是根据苏联科学院的模式于20世纪50年代建立的。俄罗斯政府对俄罗斯科学院进行了自上而下的改革，使其独立性大为减少。不改革就会被改革。在这种情况下，中科院院长白春礼提出了“率先行动计划”，以一种前所未有的急剧方式改革中科院。
“率先行动”计划旨在通过将现有的研究所重组为以下四种类型，使中科院面向世界科技前沿、面向国家重大需求和面向国民经济主战场（即“三个面向”）。
自2014年7月以来，中科院已建立或重组了18个创新研究院，21个卓越创新中心，5个大科学研究中心和14个特色研究所。中科院已经为这些新分类的科研组织引入了新的资源分配方法、治理结构和绩效评估标准。
那些不属于上述四个类型的研究所，特别是那些以学科为基础的研究所，如数学和系统科学研究院、化学研究所、物理研究所、生物物理学研究所、地质学和地球物理学研究所等，它们的一个任务是帮助北京和上海的两所中科院附属的大学，即中国科学院大学和上海科技大学，去实现“科教融合”。也就是说，这些研究所的研究人员，将教学任务作为其工作的正式构成部分。
这样一来，中国科学院大学和上海科技大学就不必从科学院外部大量新增师资力量了。其他研究所则有可能被合并或解散，它们的研究人员将逐渐被转变为四种类型研究机构的成员。
为了实施改革，中科院的管理机构也进行了重组，设置前沿科学和教育局、重大科技任务局和科技促进发展局，来取代原有的四个科研业务管理局（生命科学和技术局、资源环境与技术局、基础科学局、高科技研究与发展局），从而确保与“三个面向”保持一致。
作为一项重要的改革举措，中科院“率先行动”计划既是为了应对组织层面或中观层面的挑战，也为了应对科研机构层面或微观层面的科研人员绩效评估。中科院内部机构的重组是改革的重中之重，以促进科学院内部的合作，并集中精力攻克重大关键科研问题。这是一种逻辑合理的策略。
然而，该计划在实施过程中遇到了种种困难，因为那些存在重叠活动的科研机构，不可能轻易地、想当然地被重新归类为卓越创新中心和创新研究院，或是创新研究院和大科学研究中心。而且，该计划并非一定会促成中科院与外部科学家之间的合作，随着中科院机构的重组以及附属大学能力建设的增强，中科院实际上很可能会变得更加封闭和独立。
类似“率先行动”计划的改革在中科院历史上已不是头一遭了。
中科院院长白春礼在“率先行动”计划中提出的“三个面向”，与前任院长路甬祥的“知识创新工程”的计划目标基本上或完全是趋同的。并且，现在的改革计划，也不一定能保证达到预定目标。而中科院仍旧坐在历史的功劳簿上强调它在中国创新体系中的独特作用，而没有考虑到“率先行动”或许对中科院有利，而对整个国家则未必是好的选择。
其实，社会上对国家是否应该维持一个庞大的国立科研机构的必要性一直持怀疑态度——类似的国立科研机构在世界其他国家是不存在的。
中科院的新改革，碰巧与国家事业单位的改革（开始于2011年）重叠在一起，这就使得中科院的改革更加复杂。总体来说，在国家事业单位改革的进程中，中国的公共机构，共涉及126万所教育、研究、文化、医疗保健等领域的机构的约4000万以上员工，将被分为两类。
尽管最近宣布的改革只涉及高校和公立医院，但在中科院案例中，与其他公共机构一样，第一类机构将得到全额资助，其目标就是完成国家规定的任务；而第二类研究所可以通过其他活动获得的收入来补充其公共资金投入不足的缺口，包括政府研究项目的采购，技术转让和创业。因此，事业单位改革将对中科院研究所，以及对科学家的稳定资助和薪资水平，对它们所执行任务的范围和重要性，产生一定的影响。
国家也许最终将不会支持或在财政上难以负担当前模式下的中科院。基于可预见的资源约束，中科院很可能会精简，比如将少数科研院所转变为国家实验室（这取决于政府资金），同时将另外一些科研机构实行“转制”，类似于1999年以来国家将一批以应用为导向的研发机构转制为企业。