几个世纪以来，科学家一直对木星闪电的起因感到迷惑。“朱诺”号木星探测器任务小组的科学家发现，木星闪电实际上是地球闪电的“翻版”，但闪电的分布与地球不同。“朱诺”号上的微波辐射探测仪可以记录频谱范围很广的木星无线电信号。它检测到了377次闪电放电，范围在兆赫-吉赫之间，与地球的闪电相同。但不同的是，木星的闪电活动多出现在两极，在赤道却没有。
这是因为，地球的外部热量绝大部分来自太阳辐射，而赤道受到辐射最多，温暖潮湿的空气更容易上升，促使高空雷暴发生，从而出现闪电。而木星绕太阳运行的轨道比地球远5倍，因此接收的阳光比地球少25倍，木星大气层的热量大多数来自木星本身的热量。虽然太阳辐射对木星赤道的加热作用同样大于对两极的加热，但对赤道的加热只够保持上层大气层的稳定，阻止了下层温暖空气的上升。
而木星两极没有温暖的上层大气层，因此大气层不稳定，使得木星下层大气层温暖气体上升，产生空气对流，因而制造了闪电。