在东京审判中，中国代表团肩负民族重托与重重压力，从一桩桩铁一般的事实中，与战争狂魔们展开殊死斗争，最终将刽子手们送上绞刑架。东京审判从1946年5月3日开始，先后经历了“准备阶段、检方主张立证阶段、辩方反驳阶段、审理阶段、判决阶段”，最终于1948年11月12日做出终审裁决。
东条英机、广田弘毅、土肥原贤二、板垣征四郎、松井石根、武藤章、木村兵太郎被判处绞刑，木户幸一等16人被判处无期徒刑，东乡茂德被判处20年徒刑，重光葵被判处7年徒刑。1948年12月23日凌晨，7名甲级战犯在东京巢鸭监狱被执行绞刑，正义终于得到伸张。
1948年8月17日，向哲濬与高文彬乘坐“美琪将军”号轮船从横滨返回上海，并将4.8万页的庭审记录以及2万多页的证据材料，全部交给外交部和东吴大学法学院留存。1956年6月，羁押在抚顺战犯管理所的日本战犯开始接受新中国的审判，东吴大学校友沈关生作为法庭工作人员参与审理，此次审判标志着日本战犯审理工作最终画上句号。审判期间，梅汝璈受邀担任沈阳军事法庭顾问。
与远东国际军事法庭上的激辩不同，在中国军事法庭上受审的日本战犯都经过了长期的思想改造，几乎都主动承认了所犯罪行。犯下滔天罪行的日本战犯，最终得到了国际社会的严惩，但战争狂魔的幽灵，却始终阴魂不散。1948年11月12日，部分日本辩护律师和甲级战犯家属联名向盟军总部提出要收纳战犯遗骨，被盟军总部拒绝。12月23日凌晨，7名甲级战犯在巢鸭监狱被处决，随后被秘密送往横滨市久保山火葬场火化。
当时有传言，美军会将战犯骨灰抛入太平洋。得知消息后，日本辩护律师三文字正平在横滨久保山兴禅寺住持川伊雄、久保山火葬场场长飞田美善等人的协助下，趁着夜色将7名战犯的部分遗骨，藏入伊豆山中悄悄供奉起来。东京巢鸭监狱始建于1895年，当时为东京警视厅监狱巢鸭支署，1897年改称为巢鸭监狱。1922年，改称为巢鸭刑务所，专用以关押政治犯之用，1937年改名为巢鸭拘置所。
“二战”结束前夕，不少日本反战左翼人士和日本共产党等被关在巢鸭监狱。1945年日本投降后，巢鸭监狱被驻日盟军总部征用，专门用于羁押远东国际军事法庭所列名的战犯。1948年12月23日凌晨，包括东条英机、广田弘毅、松井石根、土肥原贤二等在内的7名甲级战犯在监狱内被执行绞刑。1958年，盟军结束征用，后交还给日本政府，并改称为东京拘置所。1971年，监狱被拆除，后改成商业设施。
如今，在监狱遗址旁的丰岛区东池袋中央公园内，有一处监狱纪念碑。1960年，战犯遗骨被葬入日本爱知县三根山的山麓，并建立了所谓的“殉国七士庙”。墓园处有5米高的大型石碑，上书“殉国七士庙”五个大字，碑后有安倍晋三祖父、时任“内阁总理大臣”岸信介的祭文。从入口处往里走300米左右，即可看见7名战犯的墓地。墓地上有长2米左右的石碑，上面刻有“殉国七士墓”，7名战犯的遗骨就被埋在墓碑的正下方。
如今，还有不少右翼人士和市民前去墓园祭拜。墓园除了7名战犯的墓碑外，还随处可见当年参加过侵略战争而战死的士兵慰灵碑。据东条英机孙女由布子所述，1979年5月26日，裕仁天皇夫妇曾在距墓园不远处的宾馆下榻过，并于次日清晨向“殉国七士墓”的方向低头参拜。另一处供奉有甲级战犯的场所，就是臭名昭著的“靖国神社”。
靖国神社位于东京千代田区，始建于1869年，最早为明治天皇下令创建的“东京招魂社”，主要是纪念倒幕运动中死去的将士。1879年，改名为靖国神社，此后由日本军方专门管理。1966年，日本厚生省将远东国际军事法庭判决的甲级战犯祭祀名录，交给靖国神社宫司筑波藤磨，但筑波藤磨并没有公开供奉。1978年10月，靖国神社宫司松平永芳将14名甲级战犯的名字列入靖国神社合祭。
此后，部分内阁首相、议员，以及右翼人士等，每逢重要日子都会前往靖国神社参拜。这一“拜鬼”行为，与日本历史教科书案、慰安妇问题等，严重伤害了东亚乃至世界各国人民的民族感情，其恶行影响至今。