要优化科研院所和研究型大学科研布局。科研院所要根据世界科技发展态势，优化自身科技布局，厚实学科基础，培育新兴交叉学科生长点，重点加强共性、公益、可持续发展相关研究，增加公共科技供给。研究型大学要加强学科建设，重点开展自由探索的基础研究。要加强科研院所和高校合作，使目标导向研究和自由探索相互衔接、优势互补，形成教研相长、协同育人的新模式，打牢我国科技创新的科学和人才基础。
科研创新是大学的重要使命之一。大学科研创新工作的首要原则是面向学术前沿，面向国家重大战略，面向国家和区域经济社会发展，首要问题是找准服务国家创新驱动发展战略的切入点和发力点，首要目标是解决重大科学问题和关键技术难题。以学科建设为基础，做“顶天立地”的创新性研究，是研究型大学科研创新工作的核心特征。
大学的学科建设，首先是学科方向必须坚持“三个面向”，解决科研创新的战略性和前沿性、基础性和应用性的问题。学科队伍是基础，有创新人才才有创新能力。科研创新是学科建设的关键内容，人才培养是学科建设的中心环节。大学的学科建设不能求大求全，但文理医工融合发展的综合性发展道路是世界一流大学的普遍特征。
以人才培养为根本，促进教研相长、科教融合，是综合性、研究型大学科研创新工作的使命要求，是大学区别于科研院所的根本特征。在大学办学过程中，无论怎么强调学科建设或科研创新，最终的目的是服务于人才培养能力的提升。将科研创新能力转化为人才培养能力的关键在于教师，要让最优秀的教师始终活跃在课堂第一线，活跃在学生培养第一线。
深化改革，关键是优化布局，提高效能。
科技创新领域也不例外，唯有最大化地发挥各个创新单元的优势，使它们各司其职，形成强大合力，才有可能成为建设科技强国的“助推器”。科研院所和研究型大学是国家创新体系的重要组成部分，是我国科技发展的主要基础所在，也是科技创新人才的摇篮。它们就像中国科技的“左膀右臂”，缺一不可。国立科研院所的性质决定了其具有战略性、前瞻性，能够在国家亟须突破的领域开展“大兵团作战”。
而基础研究具有基础性、战略性、先导性、公益性、探索性等特点，周期长、风险大。当代大学的定位决定了它可以成为科学灵感的沃土，更可以为科学家提供天马行空、潜心钻研的自由空间。