现如今，身份验证可能是指纹最常见的用途。按下手机home键，手机通过指纹识别自动开启各种功能；门禁系统通过指纹给来客放行；哪怕在古代，人们也想到利用指纹的独特性来画押，然而，“刷指纹”肯定不是最初指纹存在的意义。对指纹的生物学功能，人们提出过三种假说：排水排汗、触觉识别和增大摩擦力。
排水排汗假说认为，指纹具有类似轮胎花纹的排水功能，手指表面不断分泌出汗液，最大摩擦力出现在手指湿度适中的时候，无论太干还是太湿，都会减小摩擦力。触觉识别假说则认为，突出的指纹有助于我们快速感知触觉的细微差异。增大摩擦力假说认为，指纹通过凹凸不平的表面增大摩擦力，但在接触极光滑的表面时，指纹甚至会减小摩擦力。
指纹并非人类特有的结构，几乎所有灵长目动物都具有裸露的手掌和指纹这一结构，而且一些分布于新热带界的灵长类，还具有尾纹。此外，双门齿目的一些物种也具有指纹这一结构，例如考拉。很多动物的皮肤衍生物表面可能也具有一些类似指纹的结构，也具有类似增大摩擦的功能。