当精子遇到卵子，生命的过程就此开始。第1天：精子和卵子结合在一起形成受精卵，这时候，它只有1微克、0.2毫米大小；第2天：受精卵发生了第一次的细胞分裂；第4天：在分裂的同时，受精卵渐渐的向子宫方向移动；第6-7天：受精卵粘附在子宫粘膜上准备着床；第21-22天：心脏开始跳动……在胎儿最初的生命阶段里，它们看起来并没有什么男孩和女孩的分别。在怀孕后的几周内，胎儿的大脑发育出一列带状细胞。
接下来，这些细胞会形成一根“管子”。大脑位于管子的顶部，而脊髓在底部。在出生之前，这些为数不多的细胞会不断分裂，并繁殖成数十亿个神经细胞，它们通过数以万亿计的、错综复杂的电信号和化学信号传导来相互“交谈”。我们的基因控制着细胞间的交流，这种交流会变得越来越复杂。遗传信息决定了人体细胞的命运。婴儿的遗传基因及其在子宫内的状况，都将影响其性别的最终状态。
在胎儿发育的前六周，基因开始生产用来传递信号的化学物质。身体释放出的传递信号的物质虽然很少，却有着许多重要的作用。一个主要的作用，就是在生命的初始阶段决定胎儿最终是发育成男孩还是女孩。大脑像一座车水马龙的城市，纵横交错。大脑里的神经细胞，每秒交换着数以千计的化学信号。基因对这些化学信号进行调节，而某些信号也会控制一些基因的启动或者关闭。
从某种程度讲，这些信号会告诉细胞该去往何处，以及形成什么样的形状。有的细胞会形成器官，如心脏、肾脏或肺。有的细胞则会成为构成肌肉、肠道、四肢或生殖器官的组织。无论是在女孩还是男孩身上，这些组织最初都非常相似，但并不完全相同。所有决定最终性别的变化都发生在怀孕的第六周左右。突然之间，胎儿会变得更像男孩或者女孩。胎儿的最终性别取决于遗传基因和激素所组成的复杂体系。
长期以来，研究人员认为女性是胎儿的默认性别。换句话说，除非启动一系列特定的男性的性别设定，否则胎儿会按照默认性别发育成女性。但是，最近的研究显示真实的情况更加复杂。胎儿要成为女性，必须通过阻断男性遗传基因活动，并启动另外一系列的基因，而这些基因决定着不同激素的产生。换句话说，胎儿性别取决于男性和女性激素之间的变化。如果男性遗传基因启动，婴儿就会开始发育出男孩特有的生殖器官。
这些器官本来要变成卵巢（女性生殖器官），直到某些基因告诉身体：这是一个男孩。然后，男性生殖器官才开始出现。早期，男性生殖器官睾丸就开始生产大量的睾酮，一种雄性激素。二氢睾酮则属于另外一类雄性激素激素。男性的胎儿，会将体内很小部分（约5％）的睾酮转化为二氢睾酮。睾丸产生约95％的雄性激素，肾脏的肾上腺也会分泌睾酮。在睾酮和二氢睾酮的刺激下，男性胚胎产生性腺和其他生殖组织，从而发育成男孩而不是女孩。
某些罕见的情况下，基因决定胎儿成为了男孩，但是他的大脑却可能会传递相反的信息，使其认为自己是女孩。或者一个本来有着女孩基因的孩子，可能有一天会认为自己是一个男孩。大脑决定了这一切。大脑所传递出的信息，可能会与人的基因编码描绘出的生命蓝图并不相同。