中国政府自2006年提出“自主创新”战略以来，全社会研发经费投入突飞猛进，2015年达到1.4万亿元，占全球研发经费投入的20%，仅次于美国的28%。然而，研发经费投入结构不合理，供给侧结构性改革对新动能的需求与科学研究（包括基础研究和应用研究）“低”投入之间的矛盾日益突出，创新的供给侧面临严峻挑战。
近20年来，我国基础研究支出占全社会研发经费投入比例一直徘徊在5%左右，远低于主要发达国家的水平。学术界已经呼吁多年，每年“两会”科教界委员也都提出相关议案，但是仍然没有得到改善。2016年6月23日，时任国家自然科学基金委员会杨卫主任在《自然》杂志发表评论文章，再次提及这一问题。
1995年以来，我国应用研究投入占全社会研发经费投入比例出现大幅下滑，2014年已经触及10.8%的历史低位，远低于主要发达国家20%以上的水平。应用研究是基础研究和试验发展的中心环节，是创新链条中将新知识转化成新产品的重要传导环节。
我国产业关键领域核心技术受制于人、产品处于全球价值链中低端、科技对产业发展的支撑薄弱等问题，集中反映了自主知识产权供给率“低”的问题已日益突出。自主知识产权供给率“低”的主要原因是研发经费投入过于偏向试验发展，科学研究经费比例偏低。
政府特别是中央政府财政资金是科学研究投入的主要来源，中央政府研发经费投入不足是科学研究投入“三低”问题的主要原因。企业是科学研究投入的重要补充。我国规模以上工业企业中仅16.9%的企业从事研发活动，且主要集中在试验开发阶段，科学研究非常少。
目前，我国政府研发支出核算规范尚不完善，可能导致国际比较存在误差，不利于精细化管理。我国研发支出核算与经合组织《弗拉斯卡蒂手册》统计规范存在较大差异。
“冰冻三尺，非一日之寒”，科学研究投入不足非一朝一夕之困，也非一朝一夕所能解决，需要从战略上认识其方向性、从战术上明确其重要性，逐步调整和优化结果，为创新提供新动能。