中世纪并非黑暗，中世纪的科学与宗教也并非截然冲突，而是有着复杂的关系和深刻的相通之处。中世纪的自然哲学与神学相互渗透和影响：一方面，自然哲学家们可以一般地援引上帝的绝对能力，超出亚里士多德自然哲学来分析问题；另一方面，对《圣经》以及其他神学著作的评注需要大量运用自然哲学知识，中世纪晚期自然哲学和数学的概念与技巧被大量运用于与创世无关的神学问题。
基督教与近代科学之间有着深刻的内在关联，这为近代科学开辟了道路。
“中世纪”（medium tempus, middle ages）一词的字面意思为“中间时期”，一般认为时间跨度为公元476年（西罗马帝国灭亡）至1453年（东罗马帝国灭亡），或5—15世纪（地理大发现），当然除此两种，尚有其它种种划分。
“中世纪”一词由彼特拉克（Petrarch，1304—1374）等文艺复兴时期的人文主义者提出，他们当时正致力于复兴古典学术与文化，认为一个长达千年的黑暗与愚昧时代将他们与古代的希腊罗马世界分隔开来。但事实上，中世纪的人并不认为自己生活在两个时代之间，也不觉得自己与古典时代的祖先有任何明显断裂。
在我国，一提起中世纪，人们往往会想起“黑暗”一词。
把中世纪说成是“黑暗”的，多出自伏尔泰等18世纪启蒙运动思想家的作品。但是，真正称得上比较黑暗的时期大概只有从西罗马帝国灭亡到公元800年间，而通常所谓的“中世纪”其实并不像我们认为的那样黑暗和停滞不前，文艺复兴也没有我们以前认为的那么光明和突然。公元8世纪末已有卡洛林文艺复兴，查理大帝请欧洲的优秀学者来到帝国，兴办学校与图书馆。
11世纪末至13世纪出现了大翻译运动，特别是把亚里士多德的著作从阿拉伯文和希腊文译成了拉丁文，大学也在这一时期产生。一般把13世纪称为中世纪盛期（high middle ages），此时经院哲学达到鼎盛。而被称为中世纪晚期（late middle ages）的14世纪，虽然确实是在衰落，但却是科学史上最重要的时期。
本文只讨论中世纪西欧的科学特别是自然哲学，而不谈伊斯兰文明的贡献。它分为五个部分：一、科学与宗教的“冲突神话”；二、中世纪的学术传播和大学；三、中世纪的自然哲学；四、科学与神学的相互影响；五、一些值得注意的问题。