2012年初，网上突然流传起一个段子，只有一句话：“原来橙子是橘子和柚子的杂交”。尽管很多这种听上去就很离奇的段子确实都是杜撰的，但这条段子恰恰是真的。很快，果壳网就请对食用植物颇有研究的史军博士撰写了一篇文章叫《柑橘家的不堪往事》，运用当时已经发表的一些研究成果，为大家梳理出了柑橘类水果的家谱草图。
庞大的柑橘类水果家族中，除了少数边缘成员，绝大多数品种都是3个野生种的后代，它们是宽皮橘（Citrus reticulata）、柚（C. maxima）和香橼（也叫枸橼，C. medica）。首先，宽皮橘和柚杂交形成酸橙和甜橙，而香橼和柚（可能还有其他种）杂交形成来檬（也叫青柠）。
接着，甜橙和它双亲之一的柚，杂交形成葡萄柚；和另一个长辈宽皮橘，杂交形成部分柑类；而可能是酸橙和香橼的两个亲本杂交，则形成了柠檬。
如今6年过去了，随着技术手段的进步，科学家得以用更先进的方法——第二代高通量全基因组测序——把柑橘类水果的家谱画得更精细、更准确。经过一年多的审稿之后，他们的研究成果于2018年2月初在《自然（Nature）》杂志上刊出。这一回，柑橘家谱中一些先前还有疑问的地方差不多都有了比较明确的结论。
柑橘类全长3亿多个碱基对，是人类基因组规模的1/8。
美国能源部联合基因组研究所的科学家及其合作者，一气测定了30个柑橘类野生和栽培品系的全基因组，再下载之前已经发表的另外30套全基因组数据，对它们进行相互比较。柑橘属很可能在大约800万年前的晚中新世起源于喜马拉雅山脉东南方的一片地区，具体来说是西起印度阿萨姆邦、经缅甸北部向东到中国云南省西部。这个时期，地球的气候正好经历着剧变，从暖湿转向冷干，东南亚的季风活动也明显减弱。
柑橘属的祖先抓住了这个气候变化的机遇，开始向四周扩散，边迁徙边分化出新种。
各路柑橘中，以向东和向南的两路最为成功。
向东的宽皮橘经中国南方、台湾一直扩散到日本和韩国，成为日本南方和韩国济州岛特有的亚种立花橘（C. reticulata subsp. tachibana）；向南的一支更是经由马来半岛向东越过了著名的“华莱士线”（加里曼丹岛和苏拉威西岛之间），到达新几内亚岛、澳大利亚北部和许多太平洋岛屿，并在那里演化出了更多种类（如澳大利亚著名的指橙 C. australasica），成为柑橘育种的宝贵种质资源。
大约公元前1世纪，原产东南亚的柚被引种到中国南方，得以与那里原产并有栽培的宽皮橘相遇。这场“穿过半个南海去睡你”的邂逅结果，就是多种橘、柑和橙的诞生，由此也拉开了多种多样的柑橘类水果的育种史大幕，也让我们今天得以尽情享受这类总产量在世界上排第一的甘美果品。