2018年1月22日，日本京都大学iPS细胞研究所召开新闻发布会，承认该所研究人员在2017年2月发表的一篇论文存在造假行为，并公布了调查结果。该研究所所长、诺贝尔奖得主山中伸弥为此致歉。据新华社报道，山中伸弥表示不排除辞去所长职务的可能性。
问题论文题为In Vitro Modeling of Blood-Brain Barrier with Human iPSC-Derived Endothelial Cells, Pericytes, Neurons, and Astrocytes via Notch Signaling，2017年2月发表于Cell子刊Stem Cell Reports上。
该刊为干细胞领域著名期刊Cell Stem Cell的姊妹刊，2016年影响因子7.338。该论文的第一作者和通讯作者均为京都大学iPS细胞研究所的助教山水康平。该研究通过诱导人类诱导多能干细胞分化，建立“体外血-脑屏障”系统，并通过一系列分子生物学和药物检测，研究这一体外模型的“结构强度”和药物通透性。山水康平本人已承认造假行为，iPS细胞研究所已经向期刊提出申请，要求撤回这一论文。
根据iPS细胞研究所网站的公告，在收到论文数据可能造假的指控后，2017年7月，日本京都大学和iPS细胞研究所开始了初步询问，接着于9月份成立了全面调查委员会。调查发现，该论文6个主要数据图，以及附加材料6个数据图中的5个均存在数据捏造和篡改的行为。山水康平向调查委员会承认是自己一人实施了造假，表示这么做的目的是为了让论文看起来更“漂亮”。调查委员会也认定此次事件与该论文其他作者无关。
对于此次研究人员的论文造假行为，iPS细胞研究所所长，2012年诺贝尔生理学或医学奖获得者山中伸弥在1月22日的记者会上向公众低头谢罪，表示iPS细胞研究所已经开始着手制定研究不端事件的防范方案，包括每三个月定期检查研究人员的实验记录、加强对研究人员和学生的学术规范和道德教育、建立完整的数据保存制度等。