在过去的数十年间，学术出版界发生了剧变。目前，学术文章在作者撰写、期刊处理、学界评价等各个阶段均存在严重问题。许多学术领域，尤其是生命科学领域，已经被少数寡头出版集团及其旗下的所谓“高水平期刊”所统治。这种统治地位的获取，是以“高被引”替代“高影响”来评价科学家成就的结果。
对于在高被引期刊上发表文章的过度依赖，已经孳生了不良的学术文化：许多研究者热衷于“打包发表”科学成果，或者对已有经典研究进行跟风验证，而忽略了扎实的科学论述和真正的创新工作。
在“发表或者灭亡”（publish or perish）的过去，学术文章要靠内容说话，而在当前学术界，文章附带的“标签”却决定了它的价值。这里“标签”所指的即是发表文章的期刊。最近，一位科学家因为他的文章最终发表在期刊甲（一本领域内广受认可的期刊）而非期刊乙（一本能让管理层心花怒放的期刊）而致歉。旁观者对此深表惋惜，但没有人意识到，同一篇文章，会因为没能发表在“高水平期刊”上而显得没那么重要。
在当前学术界，标签比内容更受倚重。同样的倾向在科研人员招聘、晋升和评价中屡屡现形。一位发表了多篇优秀文章的年轻科学家，却连应聘教职的面试资格都无法得到。然而，当她的最新文章被一本高影响因子的期刊接受，她马上收到了蜂拥而至的面试邀请，并最终获得了职位。你或许认为，这种肤浅的评价方式仅在资历较浅的研究机构和学术圈中存在，然而令人惋惜的事实是，这种情况已经司空见惯。
至少在生命科学领域，这种风气已经入侵了最具优良学术传统的科研机构。
这种风气形成的根本原因，在于科研管理层和科学家之间价值取向的差异。管理层需要做出是或否的决定（比如是否批准基金），而所谓的影响因子恰到好处地迎合了他们的需求。在影响因子的魔咒下，众多科学家耗费了许多不必要的精力，来使自己的文章发表于心仪的期刊。这种包装工作可能已经成为造成科学家群体专注力和创新力流失的最大黑手。
发表在高影响因子期刊上的文章不等于具有高影响力的文章，因为“高被引”和“高影响”是两个迥异的概念。在科学界，“高影响”意味着影响和改变人们对某一科学问题的观念，但许多其他因素都可以使一篇文章被频繁引用。譬如，高影响因子期刊往往倾向于刊发“热门领域”的文章。这些热门领域的开创性文章无疑具有高影响力，而跟随者们在稍后发表的文章虽然真实影响力有限，却往往也会被频繁引用，从而推高这些期刊的影响因子。
热门领域的文章往往会引用更多参考文献，同时也更频繁地被引。此外，在活跃的领域提供数据资源或发展相关技术的文章，也有可能获得很高的引用次数。数据密集型文章已经成为了最热门的品种，基因组测序、全基因组关联分析（GWAS）和癌突变检测（TCGA, The Cancer Genome Atlas）相关的文章都是典型代表。当然，搭建必要基础设施和创建有效资源无疑是具有重要价值的，但这些都还谈不上“高影响”。
真正有影响力的工作常常是创新性的科学成果，这类工作需要突破该领域的现有主流观点，因而不太可能会获得审稿人一致的正面共识。在此类工作的发表过程中，期刊编辑需要具备平衡作者和审稿人意见的决断力。我们相信，活跃在相关领域前沿、具有专业水准的活跃科学家最能担此重任。
目前，为使文章能在“高水平期刊”上发表，大多数时候，研究者不仅必须遵守数据采集、分析和推论的严格标准，还不得不与学术界的主流观点和审稿人的权威意见保持一致。
同样糟糕的是，许多期刊已经抛弃了理性论辩的精神，而这一精神对于科学的进步至关重要。大多数“高水平期刊”越来越不愿意发表对自身已发表文章的批评意见，评论版块的逐步消失即是明证。它们把学术文章看成商品，希望任何人都不要质疑其商品的价值。
结果就是，一些有问题的研究发现在“高水平期刊”发表后，跟随产生了一系列发表在二线期刊的“翻版”文章。这些文章累积起来，使得对发现科学的真相更为困难。旨在重复已发表在“高水平期刊”上的研究的“可重复性项目”(reproducibility project)正在进行（eLife 6:323693），其初步结果已经印证了上述现象。
在肿瘤生物学领域，可重复的研究成果比例竟低至10%，而值得警觉的是，研究成果的引用数越高，其可重复性可能越差（Nature 483:531）。
在高被引期刊发表并讨论真正具有潜在影响的争议观点，过去时常出现，现今却越来越渺茫。指向权威的向心力很可能已经拖慢了科学前进的脚步。因此，学术界现在迫切需要采用发表最新研究成果的新模式。志在矫正前述诸多问题的努力已经开始付诸实践。
譬如，《美国科学院院刊》（Proceedings of National Academy of Science of USA）已开始公开部分文章的审稿人姓名。eLife也大幅革新审稿流程，在编委会终审决定前，审稿人可在相互交换意见后取得对该文章的一致看法，而过多修改和补充实验对于论文的接受已经并非必要。
F1000 Research将收到的投稿在编辑部快速浏览后，数日内便全部在线发表，审稿流程则是在文章发表后公开进行，署名审稿意见及作者回复都与文章一同发表，而只有通过了评审的文章才会被正式接受，并被PubMed收录。F1000 Research也鼓励发表结果为无效/阴性的研究成果、小成果、案例报告和数据说明。
今年早些时候创刊的Science Matters则允许以三盲审稿模式（编委不知道作者信息，作者也不知道审稿人身份）发表科学观察结果，而一旦被接受，文章会在投稿后数周内连同审稿意见一并快速发表。
这些举措都在朝正确的方向前进，但是更多的科学出版革新仍然必要。同样重要的是，与所有的研究机构一样，学术期刊也都或多或少地不愿意对自身的作为进行认真的反省和讨论。如果能够设立一个专门的独立论坛，来对学术文章的潜在影响力做出评价，可能会在一定程度上减少期刊的束缚并且更加客观。
科学出版是科学发展和科学家职业生涯中最为重要的部分。本文讨论了科学出版中存在的诸多问题，这些问题的核心在于科学出版的商业化。
因而，对由非盈利的学会所出版的期刊来说，上述的问题比较不严重。我们为此呼吁科学研究机构和管理机构，在科研评价体系中，加大各自领域内组织完备的科学学会旗下期刊中发表学术成果的评价权重。从根本上讲，能否以学术文章的内容水平而非期刊名号作为学术评价标准，是衡量科学研究机构水平的重要标尺。