中央级科研事业单位将分为三类进行评价。结合科研事业单位职责定位，将中央级科研事业单位分为基础前沿研究、公益性研究、应用技术研发等三类进行评价。绩效目标包括五年综合绩效目标和年度绩效目标。绩效目标包括预期产出、预期效果、服务对象及社会公众满意度等方面。评价指标体系一般由三级指标构成，一、二级指标为共性指标，三级指标为分类指标。
科研事业单位绩效综合评价和年度抽查评价结果实行计分制，并根据评分情况分为优秀、良好、一般、较差四级。在科研事业单位领导人员调整、任期目标考核、学科方向调整、条件平台建设、绩效激励等工作中，强化评价结果的应用。在科技创新政策规划制定、科研任务安排部署、财政拨款、科研事业单位人事管理、绩效工资总量核定等工作中，将绩效评价结果作为重要依据。按照程序办理科研事业单位编制调整事项时，参考评价结果。