大多数医学研究都是基于雄性动物或男性的实验数据，这可能会导致疗效不佳甚至给女性病人带来危险。例如，女性对于药物产生不良反应的几率比男性高50%～70%。此外，性别偏见也对个体的医学诊断造成了很大影响，妨碍了心脏病、精神疾病等多种病症的确诊与治疗。虽然这一状况正在改善，但还是需要一些硬性规定，以保证在医学检测、医疗诊断和治疗中，适当且广泛地考虑女性的生物学因素。
2013年1月，美国食品及药品管理局（FDA）对美国最常用的一种安眠药——安比恩（Ambien）的推荐剂量进行了调整，将女性的使用剂量减少了一半，而男性的使用剂量则保持不变。美国食品及药品管理局发现，在570万名服用唑吡坦（zolpidem，安比恩的主要活性成分）药物的女性中，有15%在服药8小时后仍会出现驾驶障碍；相比之下，在350万名服用唑吡坦药物的男性中，只有3%出现这种状况。
研究人员很早之前就发现，唑吡坦在女性体内的平均代谢清除率较男性慢得多。实际上，对于很多常用药物的代谢率、耐受性、副作用和疗效，普通男性和女性之间都存在着显著差异，女性对于药物产生不良反应的几率比男性高50%～70%。体型大小、脂肪与肌肉的比例，以及其他一系列因素（包括激素水平波动），都是导致这些差异的原因。但医生在开药方时，却很少会考虑这些差异对药效的影响。
而目前市面上出售的安比恩有两种包装：低剂量的粉红色标签瓶和普通剂量的蓝色标签瓶，则是药物针对不同性别采用不同推荐剂量的罕见例子。
药物剂量问题只是医疗系统无视性别差异的一个例子而已。无视性别差异的结果就是，女性通常被当作男性来治疗。而且，我们的医疗系统还对性别偏见视而不见；有些疾病被贴上“男人”或“女人”的标签，即便男人和女人都可能患这些疾病。医生经常在女性患者中忽视典型的“男人病”，反之亦然。
这些问题都源自我们对性别差异认识的严重缺乏。大多数动物研究中，研究对象都是雄性啮齿类动物。同时，女性在人体临床试验中的测试比率也过低。即使在那些包括男女两性的试验中，通常也没有针对不同性别的特异性分析，而且由于大多数的测试者都是男性，这些发现可能并不适用于女性。
例如，2003年对258种心血管疾病疗法相关试验的审查发现，只有27%的参与者为女性，而且其中仅有三分之一的试验是分开报告男性和女性测试数据的。
鉴于这种无视性别差异的态度，我们也就不会惊讶于，过去为什么没有人知道，在进行住院治疗的心脏病病患中，年轻女性病患的死亡率是年轻男性的两倍。
1977年，美国食品及药品管理局推出一项指导原则，不允许育龄期妇女（无论她们是否有计划怀孕）参加I期和II期临床试验，这使生物医药研究更加缺乏女性测试者。虽然现在，美国食品及药品管理局允许孕妇参与对胎儿无害的医学研究，但由于缺乏药物安全性和有效性的相关数据，孕妇可以使用的药物非常少。
性别差异其实，相关的医药改革早就被提上议程。
1990年，在科学家、倡导者和美国国会议员的督促下，美国国立卫生研究院（NIH）建立了妇女卫生研究办公室。已故的心脏病学家伯娜丁·希利（Bernadine Healy）是美国国立卫生研究院的第一位也是唯一一位女院长，她于1991年推出了“妇女健康促进计划”，并在全美招募了16.2万名妇女参与该研究计划。这一研究促使临床护理领域进行了多项重要变革。
举个例子，假如没有该研究，医生可能仍然相信，他们应该让所有老年妇女接受激素疗法，而实际上这会导致更多妇女心脏病发作、中风、患乳腺癌。1993年，美国国立卫生研究院的《复兴法案》要求，在所有由美国联邦资助的III期临床试验（以衡量一种新疗法在较大群体中的疗效）中，必须招募女性受试者（和少数族裔受试者）。然而这项法案并没有要求，招募足够数量的女性受试者，以确定某一疗法对女性患者的特定影响。
2001年，美国医学研究院（Institute of Medicine，IOM）发表了一篇意义重大的报告，强调了“性别”在基础生物学中所扮演的重要角色，而以生物学为基础的医疗保健领域，也必须重视性别的差异。该报告的结论是：“每一个细胞都有性别。”然而，几乎没有细胞生物学家会考虑这一点，他们甚至不知道自己研究的细胞或组织的性别。他们也不会讨论性染色体对自己研究体系的影响。
美国医学研究院的这份报告将性别定义为有性生殖生物的一种生物特性或分类，通常由染色体和性激素产生，分为雄性和雌性。在人类学研究中，对于性别的定义则具有社会文化性——男性或女性的个体自我呈现。
这一概念能进一步扩展，包括性别规范（对于“男性”和“女性”行为的社会期待）以及两性关系（性别对人类相互行为的影响），而所有这些都具有巨大的生物学影响力。
例如，男人普遍比女人强壮并不仅仅是由生物学因素（肌肉的多少）造成的，这与性别分工也有很大关系：在很多社会中，主要是男性承担搬运重物的职责。另一个例子是（单向）抑郁症在女性中的发病率为男性的两倍，这也许是生物因素和社会因素（如女性更容易遭到性侵）相互作用的结果。
自从美国医学研究院的报告发表后，科学家、学者和卫生政策倡导者就在不断地催促相关研究机构、期刊和政府部门，将女性和雌性动物纳入医学研究，进行性别差异的研究。2009年，美国斯坦福大学的性别差异研究创新项目（Gendered Innovations project）邀请美国、加拿大和欧盟的合作者，一起研发分析性别差异的实际方案，并对那些包含性别差的研究项目的进展情况进行追踪。
2010年，“妇女卫生研究办公室”颁布了一项战略计划，明确指出在基础科学和医学研究中，要考虑到性和性别的差异。
同年，加拿大卫生研究院采取了进一步措施，开始要求研究经费的申请者在其研究计划中注明，研究中是否会考虑性别差异。
4年后，在2014年5月的《自然》杂志上，美国国立卫生研究院院长弗朗西斯·柯林斯（Francis Collins）以及妇女卫生研究办公室主任詹宁·克莱顿（Janine Clayton）刊发公告，宣布了相关政策，确保NIH资助的临床前研究会考虑雌雄两性的差别，以及细胞性别。2016年1月，NIH开始要求将性别作为一个生物变量纳入研究设计、分析和报告中。
如果研究经费的申请者只计划研究一个性别，他们就必须提供具有说服力的理由。然而，NIH并没有像加拿大卫生研究院那样，把性别对生物学的影响阐述清楚。
性别与疾病性别偏见深刻地影响着诊断和治疗的结果，以及个体的健康状况。虽然经过多年的“红裙”运动 （“Red Dress” campaigns），大多数人和许多医生仍认为心脏病是一种男性疾病。
在被告知心脏病是美国妇女的头号杀手（心脏病导致的妇女死亡数量远超乳腺癌）时，人们会感到十分惊讶。由于医生的偏见，女性特别是较年轻的女性经常容易被误诊。而且女性通常会报告一系列除胸痛（男性患者的主要病征）以外的其他症状，包括背痛、恶心、头痛以及晕眩等。由于男性病患往往没有这些症状，医生经常将这些症状归为非典型症状。
另外，虽然男性和年长妇女较可能在一条或多条冠状动脉中发生局部硬化斑块（血管壁累积的胆固醇、脂肪和其他物质）阻塞，但较年轻的女性则更可能发生弥漫性硬化斑块，造成多条动脉血管狭窄。虽然这会造成心肌供血不足，但不会发生任何特定的局部阻塞。即使一位妇女心脏病发作的风险很高，也可能被诊断为没有心脏病。幸好，新的诊断测试已经能够检测出这类非阻塞性的心脏病，以及其他一些女性的常见问题。
但要有效利用这些检测，医生必须考虑到年轻女性也有罹患心脏病的可能性，并让病人进行相关检测。虽然医学研究正不断揭示在患病风险和有效疗法中存在的性别差异，但是提供给女性的疾病预防和治疗方针，却仍然主要基于男性试验数据。
虽然目前，妊娠被认为是一次重要的心血管压力测试，同时也是造成性别差异的因素之一，但研究人员直到最近才开始意识到其严重的长期影响。妊娠高血压、先兆子痫（妊娠24周左右，在高血压、蛋白尿基础上，孕妇会出现头痛、眼花、恶心、呕吐、上腹不适等症状）以及妊娠糖尿病（即孕期高血糖症），都会使女性在孕期过后患心血管疾病及II型糖尿病的几率升高近两倍。
错综复杂性别差异和性别偏见影响着每个人的医学诊断和治疗。骨质疏松症被认为是女性疾病，因为白人女性在一生中发生骨折的风险是白人男性的两倍。所以，参与骨折预防试验的男性寥寥无几。但实际上，在发生髋骨骨折的病人中，男性占到了总数的三分之一，而且他们的治疗结果都不如女性的理想。
虽然女性感染性传播疾病（如艾滋病以及II型单纯性疱疹病毒）的几率较男性高，但男性较女性更容易受到病毒、细菌、寄生虫和真菌感染。另外，女性较强的免疫系统或许正是造成美国2000万自身免疫疾病患者中，女性占70%的原因。怀孕对于自身免疫疾病的形成起着一定作用。一些胎儿细胞会进入母亲血液，在母亲的循环系统中存在数十年，它们正是造成某些自身免疫疾病的元凶。
性别还会影响神经和精神疾病的形成。越来越多证据表明，在环境压力的作用下，雄性胚胎的胎盘会刺激胚胎生长；而雌性胚胎的胎盘则会促进相关基因和蛋白表达，来提高胚胎的存活率。这样的反应机制差异可能会导致，某些发育障碍（如自闭症和阅读障碍）在男孩中更常见——虽然目前使用的诊断方法也可能会忽略女孩身上的某些特有症状。
与精神疾病相关的性别偏见似乎普遍存在。认为男孩和男性的抑郁症表现为愤怒而非退缩的观点，可能就源于男性外化行为和女性内化行为的偏见。世界各地仍有一些精神卫生专业人员认为，某些症状是女性特有的，例如“歇斯底里”，而在男性中这往往被诊断为“反社会”行为。这些偏见影响着治疗方法的选择和最终的治疗结果。
涉及大脑的性别偏见更为泛滥。通俗心理学钟爱的观点之一就是，男女拥有完全不同的大脑。
研究报告显示，男性左右大脑半球的皮层上，神经连接更丰富，而在女性中，两个大脑半球间的相互联系更多。但这些报告并没有提到男性和女性大脑中，86%～88%的神经连接都是相似的，这说明男性和女性大脑共同点多于不同点。而且研究还不断显示，人一生的大脑发育在很大程度上受到神经可塑性的影响：如果男孩和男性的日常经历与女孩和女性截然不同，那么他们的大脑结构和功能将会出现相应的差别。
这种复杂的状况使得很难确定大脑疾病的成因及治疗方法。在美国500多万名阿尔茨海默病患者中，有三分之二为女性，这不仅是因为年龄超过65岁的女性远多于男性，而是在各年龄段中，女性患者都多于男性。在女性阿尔茨海默病患者的老化细胞中，母源和父源X染色体在细胞分裂时发生的配对异常，可能在致病过程中起着一定作用。而在男性患者体内，细胞分裂产生的新细胞中可能只有X染色体（母源），不再含有Y染色体。
性别肯定会影响阿尔茨海默病的病程发展，我们应该对此进行更深入的研究。
精准医疗显然，要为女性提供更好的卫生保健，医学研究人员和医生还有很多问题有待厘清。对于性别差异的深入了解，也有助于提高男性的医疗水平。2015年，美国国立卫生研究院推出了“精准医疗计划”（Precision Medicine Initiative），以解决多数疗法仅针对“一般”病人而非个体所产生的问题。
要实现“精准”或“个性化”医疗，需要将个体基因、环境和生活方式的多样性纳入考量范围。然而，那些致力于发现致病基因突变的基因组研究，通常没有包括X和Y染色体，这意味着精准医疗并不是很关注性别差异。
2015年，美国国立卫生研究院要求研究人员在动物和人体研究中，将性别作为一个生物变量，这为我们带来了希望。同年，加拿大卫生研究院推出了一项针对卫生研究中性别差异问题的在线培训课程。
欧洲研究型大学联盟也发布了一项报告，论述如何将性别差异整合到研究过程中。2015年10月，美国梅奥诊所（Mayo Clinic）举办了性别医学教育峰会，探讨了医学院没有教授学生性别差异可能造成的严重隐患。这次峰会向与会者征集在医学教育中整合性别差异的具体实施计划，并号召在未来5年内对相关教材进行相应的整改。
2016年，一个由13位代表9个国家的专家组成的小组，制定了“研究活动中的性别平等”（Sex and Gender Equity in Research）指导原则，为在研究设计、数据分析、结果分析过程中报告相关性别信息，提供了一个全面的操作章程。
这些进展的确令人鼓舞，但还有更多工作有待继续。我们可能需要颁布法令，通过政策和资金方面的约束，确保雌性生物学整合到医学课本和检测方案中。
同时，为了确保医生和其他医疗保健提供者在医学诊断、筛查和治疗中充分考虑到性别差异的影响，我们或许还必须要求将其作为医护标准中“无损于病人”的伦理规章的一部分来严格遵循。男性或女性都会因此受益良多。如果不重视性别差异的影响，医生就无法实现精准医疗，特别是我们所希望得到的那种针对每个个体的精准医疗。