在动物界，决定性别分工的法儿有很多。比如靠环境温度决定的鳄鱼，靠社会地位决定的小丑鱼，靠碰没碰见朋友决定的海蛞蝓，还有些动物根本谈不上决定，可以变来变去。只有一部分动物选择了遗传决定，其中的一部分又固化为性染色体差异，这其中的一小部分选择了XX-XY的染色体决定机制，比如人类。那么，为什么X、Y染色体形态不同呢？
这要从XY性别决定系统的由来说起。在不确定多久以前（可能是3亿，也可能是1.7亿），哺乳动物的祖先获得了一个性别决定基因。如果有这个基因，个体就是雄性；没有，就是雌性。这是个显性基因。今天，我们称性染色体里含有这个基因的为Y，不含的是X。那个时代，X和Y长得还差不多。
但这个基因一诞生，就注定是要被疏远的命。因为雌性和雄性有不同的生理特征，可能有不同的行为特征，对后代的利益评价也不一样。
所以对于雄性而言的好基因，对雌性可能是差的；反之亦然。一般而言，同源染色体是经常重组的，一个基因经常从一条跑到另一条的同源位点上去。但是当Y染色体上的基因跑到了X染色体的同源位点上，可能就把适合雄性的基因硬塞给了雌性……基于前面的理由，这样的重组不会有好结果。所以自然选择逐渐阻断了X和Y之间的重组。
但是，重组是有用的，它能防止基因的“恶性搭便车”。重组的减弱，会导致坏的突变筛选不掉，好的基因也被拖累。Y染色体就是如此。现在Y的重组能力大减（只有末端可以粘在X上，还有部分片段可以自己和自己勉强重组），Y染色体上管用的基因越来越少，自身的长度也越来越短。有一项估计是，当初它有1438个有效基因，现在1393个都报废了，真是被这个性别决定基因害惨了！
而X还好好的，无他，就是因为女性身体里还有XX可配对，而Y却一辈子遇不到另一个Y。一个X染色体可以一直呆在女性身体里，即使到男性身体里客串一次也不会超过一代的时间，不至于出现大问题。到头来，唯一的区别只有一条：性别决定基因是显性的。Y是这个显性基因的携带者，于是，它矬了。