近代早期博物学与科学革命的关系是科学编史学无法回避的一个重要议题。二十世纪中叶之前，传统科学史研究者一般都未注意到近代早期博物学内部的断裂和革命，在这样的叙事中，近代早期博物学和科学革命的关系多是外在或无关的。福柯率先提出近代早期博物学中存在一次与数理科学革命有内在关联的认识型转换。
八十年代以来，英美科学史界不同程度地接受了福柯的看法，根据不同的主题对近代早期博物学内部的变革进行分析，同时也研究博物学和数理科学在近代早期科学文化上的统一性。
近代早期科学在科学史研究中占有特别重要的地位，这主要是因为，以物理科学为核心的科学革命即发生在这一时段。可以说，近代早期科学史的最经典叙事，完全是以科学革命为轴心的。科学史家对于科学革命的编史已经极其细致，对数理科学传统的研究在范围上已近乎完备。这样的情况给博物学史的研究提出了一个无法回避的问题，那就是：近代早期博物学和科学革命以及数理科学处于一种怎样的关系之中？
这个问题至少可以拆分成两个方面来看待。首先，博物学是否是一种和数理科学完全不同的知识形态？从而，近代早期博物学的发展是同数理科学构成对立的两翼，还是共享了共同的基础、预设乃至方法？其次，在科学革命的过程中，博物学是否经历了如数理科学一样的巨大变革？换言之，古代的博物学研究同近代的博物学是构成了连续的线索，还是经历了范式上的断裂与革命？
这两个子问题深刻地关涉到对博物学进行编史的具体工作。如果认为博物学代表了和数理科学截然对立的一种自然知识，那么，近代早期的博物学便是一种在科学革命的浪潮中坚守某种前现代知识传统的认知方式。反之，如果我们认为，博物学在很大程度上从属于数理科学，那么，对近代早期博物学史的研究便依赖于科学革命的叙事。
在第二个子问题上，如果我们认为西方的博物学是一条连续的传统，那么从西方古代的亚里士多德主义到十九世纪的浪漫主义博物学家从事的便是本质上相同的工作。而如果我们认为博物学在科学革命的进程中存在物理科学那样的断裂，那么，近代早期博物学史的任务就是描述、分析和论证这种范式转换的存在。本文将以上述问题为核心线索，综述西方科学史界对于近代早期博物学和科学革命关系的处理。