蘑菇确实可能存在重金属超标的情况，这与培养介质是否含有大量重金属有关。人体自身具有代谢重金属的能力，只是日常偶尔吃蘑菇的话并不要紧。如果长期持续超出剂量的摄入有毒重金属，确实可能带来危害。
蘑菇是我们对可食用大型真菌的俗称，其中包括蘑菇、香菇、金针菇、鸡腿菇等等很多品种。和绿色植物相比，蘑菇富集重金属的能力确实更高。国外研究者做过一些针对野生蘑菇的重金属含量调查。近年来，我国也有不少科研院校对人工栽培的食用蘑菇进行了调查。
2007年有研究调查了重庆北碚地区食用菌的重金属含量情况。该地区既是重要的工业基地，也是食用菌的生产基地。研究者对该地所产平菇、鸡腿菇、金针菇、姬菇和草菇中的铅、镉、汞和砷等重金属进行分析，发现草菇富集重金属能力最强，所有的草菇样品均被检出汞超标，三分之一的草菇样品铅超标；14％的鸡腿菇样品汞超标；4％的香菇样品铅超标；29％的姬菇样品汞和铅均超标。
菇类食品重金属超标的现象并不局限于重庆，来自于青藏高原的黄金菇，同样也被发现其中的镉和汞超标，而且铅和砷的含量还远高于香菇和双孢蘑菇。针对另一种大型真菌——灵芝的研究也得到了类似的结果。虽然它被有些人认为是一种神奇的药物，但有研究者发现一些样品中富含铅。台湾科研人员也调查了巴西菇（也就是姬菇或称姬松茸），同样发现有近半的样品重金属镉超标。
不过，2009年，浙江林学院等单位的科研人员对浙江市场上的蘑菇样品进行抽查，并没有发现重金属超标的现象，只是和一般蔬菜相比，其含量确实偏高，且超过了蔬菜的重金属限量标准。
蘑菇中的重金属，和有些毒蘑菇自身合成的毒素不同，它们是来自于环境中的，并不是自己想要的东西。如果培养介质没有受到污染的话，我们钟爱的蘑菇还是很好的食物。有些农户不了解环境情况，使用淤泥培育蘑菇。淤泥中虽然有不少的营养元素，但是如果河流等自然水体因排污造成其中的重金属含量过高，拿它来种植蘑菇，就有可能造成蘑菇中重金属的严重超标。
那么，这些重金属会对人体产生影响吗？
其实，类似功能的金属硫蛋白在人体内也存在，并且如果体内重金属的量增大会诱导产生更多的金属硫蛋白，提高解毒能力。此外，肝脏里的谷胱甘肽也能与重金属离子结合，并进一步通过消化道排出，起到解毒作用。对于一些特定的重金属，还会有特异的代谢方式，实现解毒和排泄。例如砷在人体内可以被转化为毒性更弱的单甲基砷和二甲基砷，并且更容易被排出体外。肾脏、肝脏甚至肺等器官都具有排出重金属的功能。
一般说来，除非一次大量或者长期持续超出剂量的摄入有毒重金属，只是平时吃点蘑菇的话，我们人体自身代谢重金属的能力是能够使我们免于它们的毒性危害的。
从一些不具有食品监管职能的科研院校的调查结果看来，我国市场上菇类确实存在重金属超标的现象，那么，喜欢吃蘑菇的我们怎么办呢？传授两条小Tips吧！一般来说，野生蘑菇的重金属含量，要比人工栽培的重金属含量要高。需要覆土栽培的蘑菇（如双孢蘑菇、鸡腿菇、姬菇等），容易受到土壤中重金属的污染；用秸秆培育的菇类中重金属含量较小。