被学生请辞的台大校长杨泮池。来源：台湾大学官网
历时约4个月，召开10次会议，审理相关论文共18篇，3月30日，台湾“科技部”官网公布台大学术伦理案审议结果：未涉及违反学术伦理者共7篇，涉及违反学术伦理者共11篇。遭质疑数据图表有40个，经审议及分析软件鉴定，无问题3个，重复使用1个，及变造或造假36个。
经过层层审视和充分讨论后，以投票表决方式，按情节轻重决定了当事人应负责任及其相对应的处分：郭明良教授：违反学术伦理论文8篇，停权10年并追回2005至2016年相关计划研究主持费154.25万元。林明灿教授：违反学术伦理论文4篇，停权8年并追回2008至2016年相关计划研究主持费81万元。张正琪教授：违反学术伦理论文4篇，停权8年并追回2009至2016年相关计划研究主持费76万元。
苏振良副研究员：违反学术伦理论文3篇，停权5年、追回2007至2016年相关计划研究主持费34.5万元、撤销其吴大猷先生纪念奖资格并注销奖牌。谭庆鼎副教授：违反学术伦理论文2篇，停权2年。林本仁副教授：违反学术伦理论文1篇，停权1年。杨卿尧医师：违反学术伦理论文1篇，书面告诚。严孟禄教授：违反学术伦理论文1篇，书面告诚。
台湾“科技部”还称，自事件发生后，“科技部”已检讨并参考国际作法，就“科研人员自律”、“加强执行机构课责”、“补助机关管理监督”及“跨部会合作”等方面提出了强化措施，并于2017年3月15日成立“研究诚信办公室”，积极建构补助单位与执行机构的完善学术伦理内控及管理机制。
该公告表示：后续将持续推动调整学研计划补助的审查制度，提出杰出研究奖项不再独尊论文，研订列名作者的规范，并规划推动辅导作为，协助科研机构订定学术伦理机制，期望通过大家共同努力，获得社会的信赖与支持。
不过在台湾“科技部”的公告中，只字未提及此前风口浪尖上的台大校长杨泮池。
同时，台湾“教育部”也组成审查小组进行专业审议，并与台湾“科技部”召开联合审议会议，然后召开“教育部”学术审议会决定“教育部”复审结果，最终审议17篇疑义论文，认定违反学术伦理计9篇，台大占8篇，多属图片数据涉及造假或变造，严重违反学术伦理，而其中刊登于Mol Cancer Res（2007）的一篇，台大未认定违反学术伦理但“教育部”复审认定违反学术伦理；查无直接证据认定违反学术伦理计7篇；仍待厘清确认后续处置计1篇。
台大校长杨泮池的角色与责任台湾“教育部”特别指出了杨泮池教授在本案中的角色与责任，称“前述9篇被认定违反学术伦理论文中，杨泮池合著计4篇，包括Cancer Cell（2006）、Cancer Res（2006）、J.Natl.Cancer（2006）、Cell Death Differ（2013），列名排序自第2至第12作者不等，依据教育部专业审查小组认定其参与内涵得以列名作者，至于其排序是否妥适将另请台大整体并同其他作者角色厘清。
”
而杨泮池应负担的责任，经台湾“教育部”专业审议并提请“教育部”学术审议会审议后，未认定杨有违反学术伦理，至于其作为列名作者的相应责任部分，则由台大考量列名作者荣辱与共的原则，予以检讨。
但杨泮池以合作者角色参与Cancer Cell（2006）论文有一段时间，未能发现论文中伪造数据操纵和呈现结果，尤其在这篇论文大量勘误的异常状态下，仍没有能有所察觉；其担任第二作者并于2008年期刊2度勘误时任医学院院长，已知本篇大量异常勘误情况，仍未能警觉调查并采取积极作为，以其兼具第二作者及时任学术行政领导者角色而言，有应注意而未注意的责任。
此外，杨泮池曾于2001年获台湾“教育部”第45届学术奖及2007年第11届“国家讲座”，经查其申请著作与4篇涉及违反学术伦理的论文没有关系。
据台媒报道，杨泮池曾于3月18日在校务会议上表示今年6月任期届满后不再续任，但也自称“绝对没有违反学术伦理”。
台大学生拍案而起
在两部门发布审议结果的第二天，3月31日，台湾大学学生会便在其官方Facebook上发布“台大学生会对於论文调查案之声明”，表示尊重台湾“教育部”及“科技部”的调查结果，但是，正如“教育部”审议结果中所调查的那样：“纵杨泮池校长在校内调查及‘科技部’、‘教育部’的调查中，经判定其个人并无实质涉入造假；但就学术责任与行政责任的层次而言，杨泮池校长在被调查之Cancer Cell（2006）造假论文及该论文2008年二度勘误期间，与论文团队互动密切、列名第二作者，更担任本校医学院院长，且在已知论文大量异常勘误情况下，仍未能警觉调查并采取取积极作为；本会认为，杨泮池校长就行政责任上显有过失，即便调查结果已证实其并无实质涉入造假之情形，亦有督导不周之行政瑕疵。
”
因为造假案不仅造成巨大社会影响，并使“学术界伦理规范荡然无存”，台大学生会提出了几项声明及公开诉求，其中明确要求杨泮池校长就其行政疏失负起相应责任并接受各界检讨：“本会尊重杨校长于3月18日校务会议上‘不续任校长’之决定，希冀其能于今年六月份任期届满前，完成各项校务交接事项并主动辞职。”
学生会还要求即将召开的“临时校务会议”，也应尊重杨泮池校长不续任的意愿，筹备开启新任校长遴选相关事项的讨论，并提升往后各级校务会议学生代表席次的比例，重视学生作为校园中主体的身份，落实学生参与校务决策、监督学校施政的可能。
另外台湾“教育部”因本次事件扣减台大2017年度补助经费计新台币5400万元，台大学生会也呼吁台大校方应该立即阐明该笔经费可能影响的范围，避免该惩处沦为未来学生争取权益时校方的回避理由，以保障学生权益。