2016年4月18日，科技部、中宣部发布了关于印发《中国公民科学素质基准》的通知。其中将“阴阳五行、天人合一”作为其132个基准点之一，迅即受到公众的关注。中科院国家天文台陈学雷等八位科学家专门撰文，表达对《基准》一些问题的意见，呼吁科技部和中宣部组织有关专家，对此进行进一步的审议和修改。
今年2月25日，“阴阳五行入准之争”在SELF讲坛-煮酒论道的舞台重燃战火，来自中科院人文学院的正方孙小淳教授和反方中科院高能物理所的张双南研究员当面交锋，激起的讨论绵延不息。《知识分子》特邀请双方就辩论发表总结陈词，并附上此次辩论视频，供读者评判。
正方孙小淳认为，理解科学必须历史地看科学。科学在不同文明中曾经有过多样的历史形态。
阴阳五行、天人合一等，本身并不是“封建迷信”，而是中国古代用以认识自然和人的概念和理论，其本质是人们开始用“自然主义”的语言，而不是用巫术神话的语言去认识世界，因此它们是人类认识史上革命性的进步。阴阳五行、天人合一等在中国古代科学史上发挥过重要的作用，它们构成的宇宙观，是古人观察、描述、解释自然与人类社会现象的基本概念框架。古代农、医、天、算等科学知识都在这种宇宙观下得到表达。
天人合一，更是表明中国古代强调从人与自然的关系角度去探索世界，而不是把人与自然割裂开来。这些重要的思想，完全可以成为科普的正当内容。
反方张双南坚决反对阴阳五行、天人合一“入准”。他认为，发布《中国公民科学素质基准》是为了提高中国公民的科学素质，因此《基准》中不应该加入和科学毫无关系、甚至与科学背道而驰的内容。
科学是从天文学的研究产生出来的，具体来讲就是从古希腊就开始的通过不断地刨根问底追问太阳系内行星的运动规律，经历了地心说、日心说、开普勒三定律的经验规律、伽利略利用其发明的天文望远镜对行星的精确观测以及伽利略创立的实验科学，一直到牛顿的归纳、演绎和实证，最终不但理解了行星运动的主要规律，而且产生了人类历史上第一个自然科学理论体系，也就是牛顿的力学三定律和万有引力定律。因此，科学就是刨根问底。
科学有三个要素，包括科学的目的、精神和方法。科学的目的就是发现各种规律，科学的精神是质疑、独立、唯一，科学的方法是逻辑化、定量化和实证化。天人合一、阴阳五行是中国传统文化，是一种哲学思想，和之前的观念相比有了巨大的进步。但是天人合一、阴阳五行在解释自然、人体和社会现象的时候，基本上就是做各种各样的诡辩、牵强附会和自圆其说，不但逻辑化本身不完整，而且也没有严格和精确的定量化，更没有任何实证化。
因此，它和科学有着本质的区别。天人合一、阴阳五行不是科学，也没有产生科学，当然更不能指导科学。学习天人合一、阴阳五行对于提高任何人的科学素质都不会有帮助。因此，他认为天人合一、阴阳五行不应该写入《中国公民科学素质基准》。