中国科学院理论物理研究所研究员，中科院院士何祚庥撰文，对王贻芳所长等人所建议的CEPC-SPPC项目提出了质疑。他认为，这个项目并不是什么创新项目，总体的设计思路借鉴了LHC并加以放大，项目经费也非常大。美国的SSC项目和欧洲的Eliosatron项目都因为科学价值不大、花费巨大而被否决。
何祚庥进一步指出，在粒子物理理论中有一个重要的理论，即粒子物理再向超高能物理发展，不会再有新的发现，这被称为高能物理的“大沙漠”理论。虽然有一些高能物理学者认为这一理论并不完全正确，应有所修正，但超对称粒子的“失踪”也立即导致一个重大的根本性看法的转变，即不少粒子物理学家和数学家精心制作的超弦理论也随之“垮台”。
何祚庥认为，王贻芳所长提出的CEPC-SPPC方案，只不过是已经被美国国会所完全抛弃的“创新”，却在此时又被很多科学家拿过来向中国政府推销。他还质疑，为什么如此好的方案不被美国科技界所接受，为什么如此好的方案不坚持向美国政府继续游说。对于我们的质疑，有一种回答是：这一方案对于发展中国家，如中国的高能物理的研究仍有深远意义。
对此，何祚庥不能苟同，他认为当代中国需要解决的科学问题太多了，不能因为中国或世界各国已经有若干人进入高能物理界，但却缺少工作岗位，因而就构思出一个并不是很有“成效”的方案，去安置这批高能物理学者。
何祚庥还提到了高能所建造正负电子对撞机的历史，以及王贻芳所长一直强调高能所建造正负电子对撞机时从未超支，上下涨落幅度不会超过5%的事实。他认为，王贻芳所长的“一厢情愿”能否再度实现是一个问题，而结论应是：这是一个不切合中国国情的方案，决策者不应给予支持。他还指出，反对者几乎都是高能物理领域外的专家的说法并不正确，高能所内部也有一些不同的意见。