继2011年获得美国最具声望的生物医学奖项——拉斯克临床医学奖、2015年获得诺贝尔奖生理学或医学奖后，86岁的屠呦呦今天终于获得了中国科学界的最高荣誉——国家最高科学技术奖。
然而，有心人一眼看出，此次屠呦呦获奖理由里并未提及此前成果归属有争议的“双氢青蒿素”，而突出了其率先提取“醚中干”的重要工作。
在公开的2016年度国家最高科学技术奖项目展示中，是这样写的：屠呦呦的科学贡献是发现青蒿素，她从中医古籍中得到启迪，改变青蒿传统提取工艺，创建的低温提取青蒿抗疟有效部位的方法，成为青蒿素发现的关键性突破。率先提取得到对疟原虫抑制率达100%的青蒿抗疟有效部位“醚中干”，并在全国“523”会议上作了报告，从此带动了全国对青蒿提取物的抗疟研究。
她和她的团队最先从青蒿抗疟有效部位中分离得到抗疟有效单一成分“青蒿素”，率先开展“醚中干”、青蒿素单体的临床试验，证实了其治疗疟疾的临床有效性，并与合作单位共同确定青蒿素的化学结构，为其衍生物开发提供了条件。她和她的团队按国家药品新规，将青蒿素开发为我国实施新药审批办法以来第一个新药。
此前，青蒿素项目作为集体研究成果在中国国家科技奖励系统里先后获得过1978年全国科学大会重大成果奖、1987年国家自然科学奖二等奖。但屠呦呦个人的贡献在其中并不明朗。
屠呦呦因双氢青蒿素及双氢青蒿素片剂研究获得1992年度国家中医药管理局中医药科进步奖一等奖和1992年国家十大科学技术成就奖。1993年3月，中科院上海有机化学所学部委员周维善研究员和吴毓林教授对此提出异议。
当年8月，科技部科技成果司就此调查的结果作出了有利于屠呦呦的结论：双氢青蒿素“作为一种新药参加评选，从申报条件、程序、审查确认是符合评选规定的。”1993年11月10日，屠呦呦在写给科技部科技成果司的信件中强调：“应该明确的是中药研究所不仅在1973年创制发明了双氢青蒿素，（还）确定了其化学结构。”
2003年，“中国抗疟药青蒿素及其衍生物研究协作组”获泰国玛希隆医学奖。在谁去领奖问题上再次暴露，国家、相关机构和参与科学家在青蒿素及其衍生物的知识产权问题并未达成共识。
在2012年，屠呦呦第一次获得了国家科技奖的提名，当时她已经拿到号称“诺奖风向标”的拉斯克奖，但再次遭遇异议，在后续评审环节落选了。时至今日，北京大学讲席教授饶毅仍对当年的调查耿耿于怀——因为当年参与调查的工作人员中出现了吴毓林——他认为2012年国家科学技术奖励委员会的调查程序有问题：“有利益冲突的人不应该被任命为调查人，有利益冲突的人也不应该接受这样的委托”。
2015年10月获得诺贝尔奖之后，屠呦呦再次与2016年1月颁出的2015年度国家最高科学技术奖无缘，一度令学界哗然并为她鸣不平。而这次是因为，国家最高科技奖采取的是推荐制，而不是申报制。2015年国家科技奖的推荐材料报送截止时间为2015年1月15日，此时，屠呦呦尚未获得诺贝尔奖。
北京大学哲学系暨科学与社会研究中心教授周程质疑，为何在2012年落选后，“上百个有推荐资格的单位和专家中竟无一家单位或一名专家愿意再度站出来推荐屠呦呦？”周程曾就此对《知识分子》分析称：“那就得找找评奖规则方面的原因了”。最近几年，国家最高科技奖推荐通知中都会强调：“请注重推荐一线工作的杰出科学家”，2016年国家最高科技奖的评奖规则将上述条款改成了“请注重推荐仍在一线工作的杰出科学家”。
加上“仍在”二字这细微变化之后，周程猜测：“专家们就更不方便推荐‘曾在’一线工作的老科学家了。”
周程撰文建议：“给人评奖和给项目评奖，激励效果是完全不一样的。中国政府应该废除给科研项目和科技成果评奖的做法，与之对应的是设立科学家终身成就奖。”不过，如今屠呦呦获国家最高科学技术奖一事最终尘埃落定。饶毅对此表示：“屠呦呦获2016年国家最高科学技术奖：迟到45年的荣誉，不是奖励诺奖得主，而是表明中国科技界对自己有反省。”