黄季焜与其团队经过多年实地调研和分析后，得出结论：转基因技术能够提高农业生产力和竞争力，保障食物安全和食品安全、促进农业可持续发展和农民增收、维护国家利益。中国在本世纪初前是食品净出口国家，但从2004年开始，食物的进口开始逐渐大于出口。根据我们的预测，虽然中国未来食物进口与出口均将继续增加，但总体趋势是进口大于出口，而且进出口之间的差距或贸易逆差将越来越大。
中国农业面临多重挑战，包括成本上升、环境迫胁、资源短缺、农民增收等困境。技术进步是化解农业挑战的法宝，生物技术在解决这些挑战上会起到重要作用。转基因技术能够提高产量、降低成本，提高农产品竞争力，保障粮食安全。
转基因技术对保障粮食安全起重要作用，以玉米为例，如果不推广转基因玉米的商业化种植，在不实施玉米进口配额政策情况下，到2025年，玉米自给率会下降到88%左右；但是如果推广转基因玉米商业化种植，则可以提高到95%。同时，转基因生物技术可以降低农药使用量，农作物含农药残留少，风险肯定降低。农民从中获利最多，转基因技术的使用可显著增加农民收入。
例如，每公顷转基因棉花可以提高棉农收入1800多块钱，而在1999年到2000年的时候，农民人均年收入就几千块钱。转基因水稻没有进行商业化，做田间试验得出的结论是：如果虫害不是很明显，大概增产3%左右；如果当年虫害比较严重，产量影响就高一点，可比非转基因水稻增产6%。