自2012年项目发起至今，关于“中国是否应该建造大型对撞机”的争论就从未停歇，并逐渐从科学界内部扩散至公共空间，引发媒体的广泛关注。值得一提的是，自项目发起以来，科学界内部迄今并未达成共识，偶有反对的声音却未见涟漪。直至今年9月4日，知名华裔物理学家杨振宁在《知识分子》发表文章，称“中国今天不宜建造超大对撞机”，首次公开了科学界内的不同声音，彻底引燃了大讨论。
前有知名华裔数学家丘成桐等通过媒体发声，表达支持中国建造大型对撞机的态度，后有中国科学院高能物理研究所王贻芳所长就杨振宁意见撰文针锋相对，随后在美32位物理学者联名支持中国建造“希格斯工厂”，由此创下中国科学史上针对重大科学问题第一次公开、公平、公正讨论的记录。
《知识分子》坚持理性、保持公平，及时刊登了双方的意见，并就此争论向物理学界内部多位重要人士征询意见，持续关注这一重大问题的发展走向，以期向公众和决策者传递学界的专业判断，记录正在进行的科学的历史。
2012年至今，中国科学界，特别是在物理学界，一个预算数百亿、最终或达上千亿元的大型项目的立项引起了激烈的争议，支持方和反对方皆有诺奖得主站边。争议原仅限于物理学界内部，但较少公开。而争议的主题则是——中国是否应该建造大型对撞机。
科学从不避讳争议与质疑，各种意见“针锋相对”才能得到充分交流。然而一个奇怪的现象是：面对投资如此庞大的一个大型科学装置，在较早之前，媒体所做报道却几乎呈现“一边倒”的态势，罕有质疑的声音，这种现象一直持续到杨振宁先生授权《知识分子》发表其反对今天的中国建造对撞机的文章。
《知识分子》就对撞机的争议采访了中国物理学界数位重要科学家（基于可以理解的原因，被采访对象要求做匿名处理），他们均表明该项目在学界存在较大争议，但同时认为公众有知情权，面对大型对撞机项目这一规划资金最高、建成之后或将成为中国第一的大科学装置，公众应该了解意见具有分歧的事实，也应知悉关于中国建造大型对撞机的争议所在。
中国科学院高能物理研究所所长、中科院院士王贻芳是这一巨大争议的主角。事情最早源于2012年，王贻芳等多位科学家提议在中国投资建设环形正负电子对撞机（CEPC）和质子-质子对撞机（SPPC），希望它成为全世界最大的物理实验装置，表示“中国发起的国际大科学工程能成为地方社会与经济发展的支柱、国际科学技术研究中心、人才引进和培养基地、国际化的科研体制建设，提升科技外交与中国的软实力”。
CEPC-SPPC项目在很多方面都是惊人的。一方面，相较于目前世界最大的欧洲大型强子对撞机（LHC），CEPC-SPPC的能量将至少是LHC的7倍，对撞机周长可达100公里；另一方面，建造费用也将达到250-400亿元，成为中国耗资最多的大型科学装置。
中科院高能所曾多次组织会议研讨该项目的可行性方案，并建成专题网站，支持建设、论证项目的学术活动，相关的新闻报道频频可见。然而，《知识分子》在求证过程中发现，来自学界内部反对者的声音一直都存在，不过争议的声音长期没有得到媒体关注，也未被公众知悉。
反方：中国牵头大型对撞机失大于得在《知识分子》求证的过程中，有关科学目标、耗资、历史等争议焦点被屡次提及。受访专家给出的回答几乎呈现了“另一边倒”的态势，对于中国牵头建设大型对撞机的态度也较支持者更加直白。
绝大多数专家首先肯定了推广、研究基础物理的意义，也肯定了粒子物理对于人类认识世界的意义，但就大型对撞机项目落户中国却持有不同的看法，反对者对于大型对撞机项目的质疑点可以归结为以下四个方面。
1. 科学目标不明确
“首先你需要拿出令人信服的科学根据，而不是打赌式的计划，因为谁也不能保证能够发现新粒子”。中科院院士李雷（化名）表示，LHC已经在此基础上做了很多年的实验，也取得了一定的成就，但却止步在一定的阶段。
2. 关键技术不在手
在并没有革命性技术出现的背景下，许多科学家也在质疑中国大型对撞机项目是在用蛮力，且很多技术细节还需要依靠西方的支持。
3. 重蹈SSC的覆辙
中国科学院物理学家韩梅（化名）教授表示，美国的SSC在20年前已经刹车，至今为止大型对撞机项目在美国的科技计划列表中也不甚重视，“排在很靠后的位置”。
4. 建造模式
韩梅教授也对中国牵头大型对撞机项目表达了不同的意见，“从世界范围内已有的大型科研装置来看，由一个国家牵头、全世界参与的项目并不多见，或者说就大型对撞机项目来看，由中国牵头并不合适，而应该由联合国或其他国际组织来牵头，按照GDP的多少来分配出资比率，这样的例子并不鲜见”。