蘑菇的毒性可以阻止动物，特别是脊椎动物的取食，因为蘑菇是大型真菌的子实体，用于散播孢子，生殖器官要是被吃光了，还如何通过有性生殖繁殖后代呢？很多人认为，既然这些毒蘑菇有毒，那它们就应该像其他一些有毒生物一样具有警戒色，但有研究报道，毒蘑菇的“有毒”和它们的外部形态特征并没有任何统计上的关联性。
蘑菇的毒性有无与蘑菇本身所能散发出的一些刺激嗅觉或味觉的化学分子有一定关联性，因而这种化学信号被认为是毒蘑菇广播出来“不要吃我，我好毒”的信号，从而避免了被脊椎动物之类的破坏力较强的动物所取食。一个有趣的观点认为，一些可食用的无毒蘑菇，“学习”了毒蘑菇的策略，模拟毒蘑菇释放出表示有毒的化学信号，在一些取食者面前伪装成毒蘑菇，从而保护自己不被采食。
部分毒蘑菇对动物对人类巨大毒性的意义或许在于你吃一次后，下次，甚至下辈子都不敢再吃我了，虽然个体牺牲了，但保护了整个群体！还有一点更重要的，对人类有毒的蘑菇对其他动物可能是美味，反之亦然。不少文献报道，全世界范围内超过90%的蘑菇中毒死亡事件是由剧毒鹅膏导致的，因而在欧美，剧毒鹅膏被称作“致命天使”或“毁灭天使”。
根据最新的研究，剧毒鹅膏全部都是鹅膏属檐托鹅膏组的物种，其所含的致命毒素是鹅膏毒肽和鬼笔毒肽。其中以鹅膏毒肽的致毒后果最为严重，鹅膏毒肽能与RNA聚合酶II结合，阻止mRNA合成，最终阻碍蛋白合成，并能诱发细胞凋亡，主要作用器官是肝脏，会造成肝脏严重损伤。
蘑菇和不少植物一样，并不能主动释放出驱赶取食者的信号（特别是针对人类的），或许在生物协同演化中尚未演化出针对人类的“有毒”信号，毕竟相对很多蘑菇，人类出现时间还是很晚的。