李约瑟难题一直是一个十分让人困惑的难题，为什么中国古代对人类科学做出了很多贡献，却没有诞生近代科学？探究其原因，中国古代缺乏毕达哥拉斯主义，而它对西方思想界的巨大影响是科学发源的一个很重要的原因。那什么是毕达哥拉斯主义？为什么会在西方诞生？我们可以通过一个故事类比来说明：
很久很久以前，在古希腊的一座岛上，有一位名叫安特普的陶匠，他是国王的首席木匠，拥有高超的木工手艺。
有一天晚上，在经过了一整晚的辛劳工作后，他躺在他的工作室，打算入睡。然而隐隐约约有一种不安让他无法入睡。他起身出去，却惊奇地发现虽是深夜，夜空中却有一处亮光从北边升起。他知道太阳是从来不会在北边升起的。所以肯定不是太阳。紧接着，黑色的云朵在亮光的顶部出现，逐渐得笼罩了整个夜空，繁星一颗接着一颗得消失，像是被夜空后那地狱里的怪物所吞没。
安特普的第一反应是惊恐，为什么会出现这样的景象，为什么上天会如此震怒。他马上跑到了宫殿，国王已经等待他很久了，希望他能为接下来的祭祀做好必要的准备。于是乎，国王的一声令下，许多奴隶被押解上台，在祭司的咒语伴随中，他们被杀死献祭，期待去安抚愤怒的上天。然而，这一切像是无用，突然之间，开始地震山摇，祭坛开始倒塌，不远处的海浪不断高涨，眼看就要漫到王宫。
之后在一瞬间，伴随着一声巨大的声响，整个大地剧烈的摇了起来，祭坛倒塌了，所有的祭司和奴隶都被压死在祭坛下。
这次的地震之后，还有一次次的余震。在这座岛上，只有安特普和一些其它居民得以幸存。安特普聚齐了他的家人们，坐上了一艘小船，在平息后的海面上航行，逃生去别的岛屿。当他抬起头时，他发现地震过去后，天上的繁星却还是和地震之前保持相同的图案。无论导致这场大灾难的魔鬼是如何凶猛。
他想起了自己那些被地震震碎了的陶器，他觉得这些星星也至少应该被这次大地震震动了一点点吧。然而当他看到月亮的时候，月亮也只是保持往昔的光彩。
如果天上的世界对于这次大灾难如此无动于衷，拥有着远远比导致这场灾难的魔鬼大得多的力量。那么为什么魔鬼会在乎地上这些渺小的人们的生死存活呢？它为什么要在乎我们的献祭呢？想到这，安特普觉得有些尴尬，他想到底是哪一种力量控制着宇宙和世界，又是什么导致了这么一场灾难？
直到有一天，他听说了在一个叫做克罗托的岛上，有一个组织，他们知道这一切背后的秘密。他们知道在这个精密的自然下，有着美丽而永恒的数学定律控制着这个宇宙的运行。于是安特普加入了这个组织。而这个组织就叫做——毕达哥拉斯学派。
古希腊的自然环境多变，频发的自然灾害，让人们更多地去思考永恒的问题，泰勒斯首先提出了水元说，第一次尝试用理性去解释世界。而航海科技又促进了他们对天文的研究，从而让他们发现天体运行背后的永恒数学定律。而毕达哥拉斯主义把这种数学规律当做其基本纲领，无限得崇拜数，认为数是万物的本质。
事实上，毕达哥拉斯主义发源于公元前5世纪左右的古希腊，由古希腊大哲学家毕达哥拉斯所创立。
传统上，都认为是毕达哥拉斯发现了毕达哥拉斯定理(勾股定理)，同时毕达哥拉斯通过对音叉的研究，发现所有的谐音，它们的音叉的长度比都是整数比。从这种种出发，毕达哥拉斯进而认为宇宙背后的和谐是由永恒的数学规律控制的。毕达哥拉斯又进一步把这种和谐现象加以推广，认为物理世界中的一切都存在着和谐，宇宙的秩序是由那种绝对的和谐所构成的。
他们认为，天体在运行时，各自发出凡人听不见的“声音”，每个天体因其体积和速度的差异而各自具有特殊的音调，而这种音调又是由天体之间的距离所决定的，这些距离彼此之间有一种和谐关系，与音乐里的音程相适应。他们还认为，圆形和球形是最神圣而完美的几何图形，地球和天体都是球形的，每个天体都沿着圆形的轨道运转。
换一句话说，毕达哥拉斯主义的基本纲领就是“数是万物的本原。”另外，相传无理数最早由毕达哥拉斯学派弟子希帕索斯发现。他以几何方法证明根号二无法用整数及分数表示，并引发了第一次数学危机。而毕达哥拉斯深信任意数均可用整数及分数表示，不相信无理数的存在。当毕达哥拉斯发现根号二为无理数时，大为震惊、不承认其存在。后来在他的学生希帕索斯触犯学派章程，向外人透露无理数的存在后，毕达哥拉斯下令将其淹死。
毕达哥拉斯的思想在之后，被古希腊黄金时代三杰之一的柏拉图继承并且发扬，柏拉图进一步地把世界划分为完全遵守完美永恒数学规律的理型世界，和并不完美的现实的表象世界。而之后柏拉图主义成为基督教世界的主流思想，深深影响了整个西方的哲学和宗教。这种二元论的思想，提倡了抽象的思考，从而鼓励了科学家们从广泛复杂的自然现象当中，抽象出本质的数学规律。
比如牛顿的万有引力定律，可以把天上的行星绕转和地上的苹果落地统一起来，抽象出背后统一的引力方程。
既然，物理世界瞬息万变的现象可以归结为简单、完美的数学形式，所以后来的物理学家都尝试用简洁的数学形式去统一物理规律。爱因斯坦的广义相对论用简洁的场方程统一了时空和引力。粒子物理的标准模型利用对称性统一了除了引力之外的三种相互作用力。而被视为物理学的未来的弦理论则尝试去统一自然界所有作用力。
所以西方的毕达哥拉斯主义传统，很大程度促进了现代科学的诞生。而相对而言，中国古代虽然有很多科学的贡献，然而由于普遍重视实用，又缺乏毕达哥拉斯主义的影响，并没有推崇去从广泛的实际运用问题当中抽象出一个永恒不变的数学规律。