近年来，常有一些滥用食品添加剂、农药残留超标、重金属污染等食品安全事件发生，导致有不少人开始排斥一切“人工”生产的食物，追求“纯天然”。他们认为，所有的工业化生产的东西都是不好的，包括转基因农作物，都是与“自然之理”相违背的。实际上，追求纯粹的“纯天然食品”，根本无法满足人类社会发展的基本需求。
而且，用小作坊式的食品加工方式，由于缺乏必要的食品安全监管，更容易造成有害物质滋生，例如花生、玉米等如果保存不善，会被霉菌污染，产生剧毒的黄曲霉素和伏马霉素。转基因技术是一种全新的技术，理论上说，万一有人有意或无意在作物中转入了能表达有毒物质或过敏物质的基因，那将对人体健康造成伤害，这种潜在的风险是存在的。所以，20世纪七八十年代开始发展转基因技术的时候，转基因生物的安全性是人们最关心的问题。
科学家们也都特别强调，需要加强对转基因技术研究和应用的潜在风险的控制。但风险不是现实的、已经存在的危害或危险，而是指某一特定环境下，某一特定时间段内，某种损失发生的可能性。世界各国都建立起自己的评价体系，对要上市的转基因产品进行充分的论证和检验。虽然各国进行安全评价的模式和程序不尽相同，但总的评价原则和技术方法，都还是按照国际食品法典委员会的标准制定的。
国际食品法典委员会在1997年提出的用于评价食品、饮料、饲料中的添加剂、污染物、毒物和致病菌对人体或动物潜在副作用的科学程序，现在已经成为世界各国制定风险性评价标准和管理办法、开展食品风险性评价以及进行风险性信息交流的基础。
食物被消化成小分子物质才能被人体吸收。转基因植物用作食物引发的担心，一方面是人类作为食材和加工品（食用油等）食用，另一方面是用作动物饲料后出产的肉、蛋、奶等。其实，人类吃下食物后，食物里的淀粉、核酸、蛋白质、脂肪等大分子物质，需要在消化道中消化酶的作用下变成小分子物质（例如葡萄糖、核苷酸、氨基酸、脂肪酸等），才能被人体所吸收。
食物中的DNA暴露在在消化道中，会分解成核甘酸等小分子物质被人体吸收利用，不再发挥DNA的功能，更不会插入生殖细胞的基因组中而对后代造成影响。几乎所有食物中都含有蛋白质和DNA，无论是非转基因食品还是转基因食品都是如此。当然，转基因食品与非转基因食品还是有一点差别的：一般转基因作物会增加功能基因，比如抗虫作物中增加了Bt基因，因此转基因食品中可能含有少量Bt蛋白。
在描述转基因食品和非转基因食品吃起来一样安全的时候，权威机构会说，它们是“实质等同”的。例如Bt抗虫转基因作物，可等同于普通作物、Bt基因DNA和Bt蛋白。其中DNA是一般认为安全的成分，无需单独检验。因此，只需确认Bt蛋白无毒，就可认为Bt抗虫转基因作物和普通作物实质等同。
有人认为，推广转基因食品，首先要保证转基因食品的绝对安全。即使现在吃了没事，不经过十几年甚至几代人的检验，怎么能知道对人没有害？乍听此话似乎有一定道理，因为安全与否都需经过长时间的检验。但从科学上说，这种观点在思维和认知上是有问题的。根据我国《食品安全法》，安全食品包括三个要素：无毒、无害；符合应当有的营养要求；对人体健康不造成任何急性、亚急性或者慢性危害。
从法律上来看，通过了食品安全风险评估，获取了上市许可的食品就是安全的。现行的转基因食品食用安全性评价，包括了营养学、毒理学和致敏性的评价实验，这些评价方法本身就是上百年间对食品、药品安全问题的提炼，足以排除可能出现的种种潜在危害。此外由于社会舆论的要求，也加入了实验动物三代繁殖等内容，能在相当程度上预估实验动物后代的安全风险。
每年有上亿公顷土地种植转基因作物，数亿吨转基因产品进入国际市场，数十亿人食用转基因食品，尚未发现任何有真正科学证据的安全问题。美国食品和药品监督管理局生物技术办公室的创始人亨利·米勒（Henry Miller）是一位医师兼分子生物学家，他表示：“在美国，超过80%的加工食品含有转基因成分。仅在北美地区，消费者使用了超过3万亿份含有转基因的食品，未发现一起有记录的不良反应。”
我国在转基因领域投入了大量科研基金，如果成果仅仅是论文、报告而不能转化为生产力的话，将大大打击科研人员的热情，并影响商业公司投入的积极性。到今天为止，我们推送的转基因相关文章分别是“我们为什么需要转基因”、“随处可见的转基因生物制品（上）”、“随处可见的转基因生物制品（下）”，以及本文。我们希望通过相关科普，能够稍稍减弱读者对转基因技术的不信任与恐惧。
科学技术在进步、人类社会也在发展，对于转基因，我们可以了解得更多。