如果说希腊科学是求真的科学（science for truth），那么现代科学就是求力的科学(science for power)。它们的区别首先体现在人与自然地位的改变。对希腊人而言，自然是内在性的领域，是理性和真理的处所。人只能认识自然、追随自然、模仿自然，而不可能改造自然、制造自然。
基督教把理性自由改造成意志自由，创世观念降低了自然的存在论地位，唯名论运动催生了人类中心主义、强化了征服自然的观念、弱化了形式因、突出了作用因，炼金术、魔法为改造自然作出了示范。于是，人类征服自然成为现代科学的主导动机。
一、从理性自由到意志自由我们在前面讲过，把自由作为理想人性是西方人与传统中国人的根本分歧，正是自由的人性理想，造就了科学这种希腊人特有的人文形式。
因此，我们现在追究现代科学与希腊科学的区别，也应该把眼光首先对准希腊人的自由观念与现代自由观念是否发生了根本的改变。希腊人的自由，实际上是知识论意义上的自由，是说认识到理念的逻辑（并且自觉遵循这种逻辑——按照希腊人这是必然的）就是自由，没有认识到就是不自由。换句话说，你有知识，你就是自由的，你没有知识，就是不自由的。没有人故意犯错误，犯错误都是无知造成的，因此苏格拉底说无知本身就是一种道德缺陷。
这个命题到黑格尔这里讲得最为清楚——黑格尔说自由是对必然的认识。对希腊人来说，追求自由就是追求自知，就是认识你自己。西方的知识论、认识论始终占居哲学的核心地位，这和希腊人的自由观有关系。因为自由就是服从理性，就是服从内在逻辑、服从必然性，我们可以称之为理性自由。
二、人类中心主义人与自然的关系在今天成了一个问题。
主要因为地球生态破坏、环境污染、物种灭绝、全球气候变化等因素，人与自然的紧张关系开始引起人们的关注和反思。这个问题的根源在于现代早期开始确立的人类中心主义。在现代人类中心主义出现之前，人与自然的关系从来不是一个问题。希腊人并不认为人是最高的存在。
有个别希腊思想家如普罗泰哥拉曾经提出人是万物的尺度，是存在者存在的尺度，是不存在者不存在的尺度，但这个思想并不是从存在论上将人确认为万物的中心，而只是一种认识论上的相对主义，并且很快被追求知识确定性的希腊思想主流给否定和抛弃了。
三、征服自然笛卡尔版本的人类中心主义强调人有着无限的意志，而这个无限的意志首先表现在对自然的无限征服和掌控之上。通过对自然的掌控，主体性完成对自身的确立。
在亚里士多德思想中，自然物是那些自身具有运动源泉的事物，比自身不拥有运动源泉的制作物高出一筹。制作物的最高成就也就是模仿自然，因此，包括艺术、技术在内的制作性的知识在知识谱系中的地位，远远低于物理学（自然学）这样的纯粹理论知识。人工巧夺天工是不可能的。认识自然必须以一种沉思的态度，即纯粹静观的态度，从认识自然的范畴开始。任何试图干预自然过程的行为，都会影响对自然的认识，得不到真正的知识。
因此，希腊古典科学没有发展出实验方法，不是因为技术水平有限，而是因为希腊知识论背后的存在论所致。这种存在论预设了，实验对于物理学不仅是不允许的，而且也是不可能的。
四、实验科学征服自然的理想最终落实到实验科学身上。所谓实验科学，是指通过人为设置的特殊条件对自然过程进行干预，从而发现自然物发生变化的规律。
实验科学大行其道，首先必须填平自然物与制作物之间的鸿沟，打破人工物与自然物之间的界限，建立自然可以被（人类）制造的观念。自然观念上的这种突破也有其希腊根源。柏拉图最先质疑自然与技艺的二分。
他在《法律篇》中总结说，从前的哲学家们认为日月星辰、天地万物均出自自然，是自己生长的结果，而技艺是人类产生之后才出现的，而且只是对自然的模仿；有些技艺是与自然相协调的，如医学、农耕和体育，还有些技艺协调得差一些，如政治，而立法，则协调得最差。但是，柏拉图本人并不赞成这种观念。在他看来，自然并不是一个自足自律的过程，同样也是被创造的，也是技艺的产物。
他在《智者篇》中写道：“所谓自然生成的东西，其实是神工所为；只有人从这些东西中制造出来的，才算是人工所为。因此，制作和生产有两种，一种是人的，一种是神的。”也就是说，就其作为制作而言，自然物和人工物是一样的，区分只在于作者不同。但是，柏拉图的这些思想最后被亚里士多德所掩盖和取代。