从2016年1月份开始向Nature Communications投稿的作者将可以选择发表其文章的同行评议记录。科学论文的同行评议系统通常会被批评为是无效及“坏掉了”，即便如此它仍被广泛的用于学术出版中。同行评议肯定有弊端，但Nature Communications仍把这个过程看作是一个可改善科学记录质量和准确性的必要且有效的机制，同时同行评议帮助编辑决定文章的发表。
审稿报告为文章的优点及局限提供了重要的判断，并常常能孕育出对所发表的文章的严谨性和影响力做出实质性改变的修订版本。一项挑战现有知识的研究能引起作者编辑和审稿人之间漫长深入的讨论，目前为止这种讨论过程在Nature Communications这份期刊仍旧是保密的。
Nature Communications作为一本期刊，致力于开放及透明，为了使Nature Communications的同行评议过程更加透明，作为一项试验，从2016年一月份起提交并最终发表的文章，Nature Communications将发表所有审稿人的意见及作者的回复信，除非作者要求不要这样做。文章接收后，作者将被询问是否同意将同行评议的文件同文章的接收版本一起发表。
Nature Communications将通过追踪包括作者的退出率在内等参数来评估试验的成功与否，并计划在一年内提供一份报告。
这些文件将仅包含Nature Communications的同行评议历史。
如果一篇文章在另外的Nature系列期刊审稿后被提交到Nature Communications，那么另外Nature系列期刊的审稿人报告及作者的回复信将仍被保密，因为这些报告在提交时并未事先获得同意发表的许可。同样的，同行评议者的身份只有在当审稿人明确同意的情况下才会被透露，例如通过在他们给作者的意见中签上自己的名字。
除了这种情况，Nature Communications将继续尊重审稿人的匿名权。进一步的详情可通过http://www.nature.com/ncomms/authors/ncomms-transparent-peer-review.pdf上另外的常见问题解答来了解。
作为一本多学科期刊，透明的同行评议可能对Nature Communications的一些作者很新鲜，但是Nature Communications不是第一本这么做的期刊。相似的计划已在欧洲地球科学联盟的多种学科领域，BioMed Central，EMBO期刊及其他地方成功实施了。通过使这些同行评议的文件得以发表，Nature Communications朝公开编辑决定的过程进了一步。
Nature Communications希望公开同行评议过程可以有助于科学界对于我们发表的论文的评估，正如学术会议上科学家对于这些论文的已经在进行的讨论。
Nature Communications也希望审稿人报告的发表能够给予审稿人的工作更多的赞誉，因为今后他们对一篇文章的评估将能接触到更广泛的受众。要注意的是今后要发表的同行评议文件将聚焦在审稿人的意见及作者对意见的回复上。
作者和编辑之间的通信，审稿人只写给编辑的评论及编辑内部的讨论仍是保密的。Nature Communications这样做旨在两个目标中获得平衡——保证关于文章发表的决定的信息是公开的，但同时审稿人，作者及编辑在必要时能够坦诚私密地交流。当让文章编辑做出决定的所有情况并不能完全从同行评议文件中获取的案例中，编辑的评论也可能被添加到同行评议的文件中。
是否发表文章的最终决定在于编辑，并且这个决定总是在认真的考虑所有的争论之后做出的。
这项致力于更透明的行动正好跟Nature Communications成功转变为一本完全开放获取的期刊相吻合。
从明年一月份开始所有新的论文将以知识共享开放获取许可（Creative Commons open access license）的形式发表，并且所有过往Nature Communications的需要订阅的论文也转变为可供免费阅读，并且可被用于非商业性的文字及数据挖掘。
Nature Communications希望我们的读者及作者能够享受免费获取阅读Nature Communications文章的及接下来的同行评议文件，并且这将支持并提高对Nature Communications发表文章的理解及获取。