泌尿道结石（包括肾结石、膀胱结石和尿道结石）是泌尿外科患者住院的第一大原因。泌尿道之所以会长结石，是由于尿液中草酸、尿酸、钙离子等浓度升高，进而产生草酸钙结晶或尿酸结晶等结石前体，它们聚集成微小结石颗粒后，会逐渐“长大”形成结石。身体代谢异常、尿路梗阻等是常见病因。有研究显示，多喝咖啡的人更可能患尿道结石，所以咖啡不宜多喝。
有肾结石史的人和易于患肾结石的人也要注意，因为对于这样的人两杯咖啡中所含的咖啡因量就足以影响他们，使得他们尿中的钙离子分泌较多，从而增加形成肾和尿道结石的危险。所以肾结石患者每天的咖啡应当少于两杯或相当于两杯咖啡的咖啡因量的其他食物。而正常人也不能超过这个量的二倍，即四杯咖啡。两杯咖啡换算下来即每天不能超过455毫升。正常人则不宜超过1升。