大蒜杀菌全靠它身体里的大蒜素，也就是有辣味的东西。它具有极强的氧化作用，能与细菌中的一种氨基酸反应，让细菌的生命代谢无法正常进行，从而破坏它的繁殖和生长，起到抗菌作用。大蒜对葡萄球菌、链球菌、脑膜炎球菌、大肠杆菌、伤寒和副伤寒杆菌、痢疾杆菌、结核杆菌、百日咳杆菌、霍乱弧菌等多种致病细菌有抑制和杀灭作用，被誉为天然广谱植物抗菌药。
不过，大蒜素并不是直接存在于大蒜中，而是由大蒜细胞质中的蒜氨酸与细胞壁上的蒜酶合成的，把大蒜捣碎后，蒜氨酸才能在蒜酶的作用下产生大蒜素，所以囫囵吞枣吃大蒜是没有杀菌效果的。大蒜作为天然抗菌药还有一大优势，细菌对它不会产生抵抗性，而且几乎无任何毒副作用。