自1993年微小RNA（microRNA，miRNA）被发现以来，它就一直是分子生物学界的热门话题。人们首次意识到，这类结构相对简单的分子，原来可以精确而有效地调控如此多的生物进程。然而，虽然科学家们发现了很多microRNA与某些重要的生理、生化进程或者疾病直接相关，但是大部分的应用目前还停留在实验室或者初级临床的层级里。
毕竟人类对于microRNA的了解还不够成熟，毕竟相关学科的研究，从零开始，至今只有20多年的历史。
microRNA的应用从目前来看，主要可以分为几个类别：分子标记、人工microRNA、基因修饰作物和microRNA治疗。在很多情况下，细胞、组织细胞的状态其实反映在microRNA的水平上。如果能够及时监测细胞内的microRNA水平，就可能知道细胞的状态，甚至提早预测细胞发育的下一步动向。
microRNA水平与癌症的相关性也有广泛的研究。在诊疗方面，microRNA技术还有不少路要走，然而在日化产品中，这一技术已经投入了实用。美国宝洁公司旗下高端护肤品牌SK-II新推出的R.N.A. Power系列利用生物信息学手段，分析了年轻皮肤与衰老皮肤真皮中microRNA表达水平的变化，找到了一系列发生变化的microRNA。
microRNA是一种高效而精确的调控机制，与类似的利用siRNA的RNAi机制相比，microRNA只使用单一的序列，因此特异性更高，但是microRNA在核心区域允许一两个错配，因此又具有一定的宽容性。根据这些特性，经过合理设计的amiRNA可以漂亮地沉默掉一整个家族的不同蛋白，省时省力。
而且microRNA功能的稳定性更高，不像siRNA那样有时候不可琢磨，因此作为一种分子生物学工具颇受欢迎。
将microRNA用在基因修饰作物上有非常大的优势。一方面，在前面的段落我们提到了利用amiRNA可能做到一次性控制一整个家族蛋白质的表达，另一方面，控制作物自身microRNA的表达水平，也可以调控作物的某些关键性状。与功能类似的siRNA相比，siRNA还有一个额外的优势在于，它起作用的只是单一序列的分子，因此对环境更加友好。
在人体内，microRNA也参与到多种疾病中。
在医疗中，我们显然无法像植物一样进行基因修饰，只能是将现有的microRNA或者microRNA拮抗剂（往往是与microRNA配对的序列）导入病人体内。
很多制药公司在进行microRNA治疗方面的尝试，目前来看走在前面的是丹麦森塔利斯制药公司的Miravisen，Miravisen又叫SPC3649，是miR-122的拮抗剂，本质其实是经过化学稳定处理的RNA（叫做LNA），序列与miR-122配对。
Miravisen针对的是丙型肝炎，丙肝病毒感染时会诱导肝脏释放出miR-122，与典型的microRNA不同，miR-122起到的是激活的作用，而非抑制，因而会增强丙肝相关基因的表达，加重感染。因而抑制miR-122的活性，可以起到治疗的作用。Miravisen已经通过了I期临床和IIa期临床，证明它在人体内是安全的，且的确降低了丙肝病毒的表达水平。