参考文献是学术论文的重要组成部分，它的作用众所周知，在此不再赘述。但是，尽管国家已颁布了国家标准（GB/T 7714—2005：《文后参考文献著录规则》，但一来，国家标准有些要求并不明确，有些可能还不尽合理，二来各编辑部可能并未充分重视，目前不同期刊对参考文献的格式有不同的要求。这给作者带来了不必要的麻烦。
一是投稿不同期刊要用不同的参考文献列出格式，特别是，当稿件被一个期刊拒稿而另投他刊时，需要进行大量的无意义的修改。
笔者参照（GB/T7714—2005：《文后参考文献著录规则》根据多年的编辑和实际论文投稿实践，提出以下拙见，与各位同仁讨论，希望大家提出改正意见，并获得共识，以方便科学家投稿。（注意：GB/T 7714—2005是国家推荐标准，不是强制标准，故，应当尽量参照执行，但可以稍作修改）
建议使用著者—年制。GB/T7714—2005给出了两种参考文献著录格式，一是顺序编码制，二是著者—年制，未强制执行某一种，这也是各期刊最大的分歧。笔者以为，著者—年制明显优于顺序编码制。顺序编码制的优点是节省空间，但在现在主要是电子文件的条件下，空间的价值已经很低。
顺序编码制的缺点之一是在正文中读到某文献时，并不清楚该文献是何人所作，必须翻页到后面的文献表才能找到，这在印刷的纸质本上尚不太费力，在电子文件上，阅读时经常地跳转页码，是很令人烦恼的。
应当列出全部作者。在GB/T 7714—2005中，对文献表中文献作者的列出要求是多于3人是仅列出前三位，后加“等”、或“et al.”等。但首先，从法律角度，这是违反著作权法的，故应当是无效的。
文献的合作作者，无论是第几作者，均是文献的著作权人之一，要引用他们的作品，而只列其中部分著作权人，显然是不合适的。其次，有许多文献中，位于后边的作者并不是不重要，如笔者发现，许多通讯作者将自己的姓名列在作者的最后一位。
西文文献的华人作者姓和名均应当全拼。
GB/T7714—2005要求华人的西文姓名用汉语拼音，不得用缩写，且除了第一音节以辅音字母结尾而第二音节以元音字母开头时需加分音符外，不要在双音节人名间加上任何字符。但是，笔者发现，现在许多期刊在引用华人的西文文献时，往往是将华人的名也缩写了，对双音节人名多数是缩写成了第一、二音节的两个首字母。这是既不符合国标，也是很不合适的。因为华人的同姓人很多，仅靠名的缩写，很难分清究竟是哪位作者。
析出文献中，文集等的前面仍用“见”、“In”，不用“∥”。GB/T7714—2005要求，专著（含论文集）中析出文献的出处项前用“//”代替“.见:”或“.In:”。但笔者以为，这一相较于以前标准的修改并无明显优点，且“//”很难想象其有“见:”或“In:的含义。
起止页码、连续序号和合期期刊的合期号间仍用“～”。GB/T7714—2005要求起止页码和连续序号间用“-”代替“～”；合期期刊的合期号间采用“/”，不用“-”“—”“～”或“,”。这显然并不合理。笔者认为，当阿拉伯数字为基数词或序数词时，表示两基数或序数的范围用波浪线更为合适（章雨旭等，2010）。页码和期号均可以看作是序数词，其间用波浪线显然很合适。
析出文献的来源文献的主要责任者后应当加上责任。GB/T7714—2005对析出文献的来源文献，如论文集，只要求写主编名，不要求加“主编”二字。如：白书农. 1998. 植物开花研究[M]//李承森. 植物科学进展. 北京: 高等教育出版社：146-163.笔者以为这并不合适，上条文献中明确“李承森”的责任显然更好。
起止页码前一律用冒号。GB/T7714—2005要求“:”用于其他题名信息、出版者、引文页码、析出文献的页码、专利国别前。即无论是专著的引文页码还是期刊的引文页码前均应当用冒号。在此之前，我刊在专著的引用页码前是用逗号。
引用专著中的内容应当标明引用页码。引用专著时我们一般是写出专著的全部页码，这对于读者查阅相关内容可能并不方便。建议写出引用内容的所在页码或页码范围。GB/T7714—2005要求是在正文中引用处将页码或页码范围作为上角标列出。在后面的文献表中，文献表中不再重复著录，我们可以列出总页码。
非正式出版物的引用格式。按GB/T 7714—2005，非正式出版物与正式出版物一样列出。但学术论文不同于一般文献，学术论文本身必须是经过同行专家审查过的，有一定的可信度。而非正式出版物的可信度不一定，最好与正式出版物区别开来。我刊多年的实践是将非正式出版物与正式参考文献分开，放在注释项下。
常见文献的格式。
依据GB/T 7714—2005及以上讨论，建议文献采用著者-年制，文后参考文献的格式如下：（1）刊物上的文章：第一作者，第二作者，．．．第N作者．年份．文章名称. 刊物名称，卷号（期号）：起始页~终止页．（2）专著：第一作者，第二作者，．．．第N作者．年份．书名. 出版地：出版社：起始页~终止页．（3）论文集中的文章：第一作者，第二作者，．．．第N作者．年份．文章名称. 见：XXX, XXX，．．．，（等）. 主编. 书名. 出版地：出版社：起始页~终止页．（4）学位论文：研究生姓名. 论文完成年份. 论文题目[博士/硕士/学士学位论文]. 导师：导师姓名. 城市：学校或研究单位.（5）报纸上的文章：作者. 出版年. 题目[N]. 报纸名，年-月-日（第？
版）.报纸的文件类型[N]建议写明。（6）网上文献：作者. 出版年. 题目[OL].(更新日期)[引用日期]http://网址.按GB/T 7714—2005，更新日期可省，引用日期不可省！日期的格式必须是类似于：“2011-06-21”的形式。且文献类型[OL]不可省略。