囿于历史的原因，长期以来，一提到“中美合作所”，人们就会联想到“美蒋罪行”和恐怖的“白公馆”“渣滓洞”集中营。对它的这种认识，主要源于小说《红岩》以及由此改编的电影《烈火中永生》和歌剧《江姐》。
由于文艺作品的加工和渲染，人们往往把抗战期间成立的中美合作所与绑架、酷刑、囚禁、暗杀、枪决等恐怖字眼联系在一起，使其成为一个令人毛骨悚然的“魔域”，中美合作所遂成为反面形象，深深嵌入人们的脑海，造成一种误读。当你穿越历史才发现，中美合作所乃是国际反法西斯统一战线的产物，并非是为“反共”“反人民”而设立的法西斯集中营。为何成立中美合作所？有关这样的中外军事合作机构，不是独此一家。
譬如设于重庆的中苏情报合作所，就是由苏联驻华大使馆提出，苏军总参谋部与国民政府军令部协商建立的，所长由军令部第二厅厅长杨宣城兼任，军统局具体操作，合作所主要负责侦收和研究日军电讯密码。苏德战争爆发后，苏联无暇东顾而很少问津，军统局也渐失合作热情，3年后撤销。还有1941年9月在重庆沙坪坝建立的中英特种技术合作所，后因在援助及训练等问题上双方意见相左，也就不了了之。
1942年，流亡英国的法国总统戴高乐也曾派代表来中国与军统局商谈建立中法特种技术合作所，主要是为了侦译法国维希傀儡政府的密电，但法方代表不擅此道，而军统方面亦不屑一顾，最终谈判未果。真正合作成功的就是中国与美国联合建立的中美特种技术合作所。1941年底太平洋战争爆发后，世界反法西斯国家为了共同的利益结盟，构建了一个统一的反法西斯战线。中国战区随之成立，蒋介石为统帅，美军将领史迪威任参谋长。
随着战局的变化，美国加快了与中国之间合作的步伐，有意在对日军的电讯侦译技术研究，搜集日军在中国与太平洋沿岸及中国海岸的陆、海、空军事情报，以及获取这些地区的气象、水文资料等方面进行深度合作。中国方面当然希望与美国进行对日作战的情报交换，并在对日心理战宣传和在敌占区进行破坏活动等方面接受美国的训练，同时得到美国提供的先进电讯器材、武器装备、运输工具等，以襄助中国抗战。
1942年4月，美国海军部派出海军中校米尔顿·梅乐斯以观察员的身份率驻华海军小组，在中国驻美大使馆副武官、军统局美国情报站站长肖勃的陪同下来到重庆，会晤军统局副局长戴笠，表明美方有意在气象、无线电解码以及在中国沿海各重要水域布设水雷等方面与之合作，随后又深入福建、浙江沿海等地考察。回到重庆后，梅乐斯决定与军统联手，先期由美国海军部派遣训练专家到重庆对军统人员进行训练。
当年12月底，梅乐斯起草了一份《中美友谊合作计划》，报经美国海军部批准并分别征得罗斯福总统和蒋介石的首肯。外交部长宋子文提议给该合作组织命名为“中美特种技术合作所”，获得美方认可。1943年4月1日，《中美特种技术合作协定》签字仪式在美国华盛顿举行，外交部长宋子文和美国海军部长诺克斯分别代表中美两国签字。自此，由中美两国军事情报机构联合组建的“中美特种技术合作所”（简称“中美合作所”）宣告创设。
根据协议，中美两国为了早日战胜共同的敌人，愿意进行有关对日作战情报的交换与心理作战宣传，以及在敌占区进行游击破坏等方面的合作；美方同意向军统提供武器及其他电讯、气象、交通、医疗等器材和装备，训练5万名军统人员；在对日作战期间，任何一方不得终止此项合作，若有改变须提前半年通知对方，并负责保密；中美特种技术合作所的组成人员由双方共同派员协商解决，各部门原则上由军统派正职负责人，美方派副职，对外一切行文由正副主任共同签署；双方工作人员的待遇由各方自行支付；对日作战结束，中美合作所即告结束。
从内容而观，该所是一个以打击日本法西斯为目的，组织上以中方为主、以美方援助形式构建的跨国军事合作机构。7月1日，中美合作所于重庆歌乐山下的磁器口正式成立，戴笠任主任，梅乐斯为副主任，下设办公室，其主任秘书分别由潘其武、艾奇逊（美）担任；参谋长则分别由李崇诗、贝乐利（美）担任。
总办公室之下又设机要股、总翻译股、秘书股、文书股；其具体工作的实施，则主要通过内勤、外勤两大部门进行，内勤又设人事、情报、作战、气象、侦译、特警、通讯、会计、医务、总务、研究分析、心理作战、秘密行动、供应、编译等共计15个组；外勤则主要包括设在各地的训练班、办事处等。
中美合作所成立之后，很快又拟定了《中美特种技术合作所工作计划纲要》共34条，详细规定了其工作步骤、范围、目标、方法等具体问题，经蒋介石核准实施。
中美合作所在成立之初的主要任务是：扩大收集与交换情报，分呈两国最高统帅部参考；严密布置东南沿海的敌后情报网，准备策应美军登陆；布置中国各地的气象网，制定气象预报，提供美国海、空军参考；侦讯敌方电讯，研究敌方动态；加强情报通讯，提高情报时效；扩大特警训练，维护治安安全；加强对敌心理攻势，开展心理作战；加强秘密破坏工作，摧毁敌人的军事设施和军用物资。
除了上述多方面的工作外，中美合作所还有一项很重要的工作，就是为中国训练、装备了数万敌后游击部队。为加强对军统人员的培训，中美双方于1944年秋又签订了第二次合同。美国战略情报局局长多诺万、军统局副局长戴笠以及中美合作所内组长以上、军统局各处处长以上30余人出席了签字仪式。
其主要内容有：在重庆军统局本部成立特种警察人员训练班，任务是培养刑事警察，由军统选调培训人员，培训所需房屋和经费由军统负责，培训所需设备器材、技术训练工作以及培训教官等则由美方负责；增加美方供给中美合作所运输工具的数量，其中十轮大卡车由原来的500辆增为2000辆，中小吉普车由原来的50辆增加到200辆，并供应全部车辆的维修设备和可供3年使用的各种备用器材；美方供给军统医疗器材、设施增加到可供1000张病床使用的全套设备和医药；美方为军统培训高级特务40名，受训期为一年，受训人员在美的一切费用由美方承担。
当年9月，中美合作所“特警班”成立，戴笠、梅乐斯分别兼任训练班正、副主任，美国人怀特任总教官，另有50余名美国教官在特教班任职。但凡特教班的技术课，均由美国人按照他们训练特务的方式进行。训练分刑事警察和保安警察两大类，其主要内容除了侦察、审讯、指纹、痕迹、犯罪心理、化装、警犬使用、拘捕外，还要进行各种实习如刑事实验、手枪射击、机动车驾驶、爆破等。
与此同时，还相继在全国其他地方设立近20个“中美特种技术训练班”，涵盖了气象、情报、行动破坏、电讯、医务、外语、保管技术、特警等诸多领域，利用美国的技术和器材培训中国的相关人员，为敌后游击战和中美联合作战服务。先后有4万余人接受培训，提高了他们在敌后作战的能力。所组成的中美联合游击队，深入敌后开展游击战，实施各种破坏活动，有效地牵制和打击了日军。
中美合作所在抗战中取得的成绩是有目共睹的，美国空军击落日本海军大将山本五十六的座机，就有中美合作所的军统局人员在电讯侦测和密码破译方面的功劳。其建立的若干为美国海、空军提供气象情报的气象情报站、观测哨等，对美军在太平洋日占岛屿展开逐岛进攻和轰炸日本本土的军事行动中，发挥了重要作用。
战后美国海军部的一份报告给予其高度评价：中国方面通过中美合作所向美国提供的日本占领区军事及气象情报，成为美国太平洋舰队和中国沿海的美潜艇攻击敌海军的重要情报来源。
除了军事行动外，中美合作所还在第二战线上展开积极活动，包括收听日伪电台广播并用秘密广播进行干扰和反宣传，展开宣传攻势瓦解日军士气，在日伪军中制造恐慌情绪，鼓舞敌后抗日军民斗志；印制汪伪储蓄券假钞偷运到沦陷区，扰乱日伪金融，并大量收购日货与沦陷区物资运回大后方……所有这些，对中国抗战取得最后胜利多有裨益。1945年8月抗战胜利后，中美合作所已无存在的必要。
在美方贝乐利和中方潘其武的主持下，双方于是年冬签订了第三次合同，其主要内容是处理中美合作所撤销后的善后工作。决定将中美合作所内的所有剩余物资，均不计价交给军统；其他物资凡已启运来华者，均按已启运数量供应，未启运者不再供应。
双方还商定了结束期间若干业务继续合作的过渡性办法，其重要部分有：气象、情报及通讯安全工作，仍保持局部性的合作；原属中美合作所之美方物资，尚未运到者，由美方负责续运上海，交军统局使用；美方继续协助训练通讯人员，并在上海设立通讯训练班，由美方派遣教官、供应器材；美方继续协助训练中国特种警察；中美合作所原有医务计划仍照旧进行，并由美方供应足够600个病床之用的全部医疗设备，在上海、北平、汉口分别设立医院；建议中国政府设立统一的中央气象局，并将气象情报供给中美陆、海、空军和民航公司使用；遴选中美合作所有功之中方人员赴美受训，经费由美方负担；曾在中美合作所受训之游击部队，俟新的合作协约缔结后，酌情予以改编。
1946年1月，按照成立之初的规定，中美合作所完成了它的历史使命，正式宣告结束，美方人员随后分批回国。因为中美合作所的中方负责人是军统局首脑戴笠，而美方副主任梅乐斯又不顾美国当局禁令而竭力介入国共两党冲突之中，背离了双方合作的正常轨道，加之该所训练的人员以及获得的美式装备，后来都被当局投入到反共内战中，于是，该所“扶蒋反共”的恶名在外。
在其原址及其附近发生的监禁、虐待和屠杀政治犯的罪责，也一并都算在它的名下。特别是1949年国民党政权在大陆崩溃时对被关押政治犯进行集体大屠杀，更使中美合作所声名狼藉。其实，无论是白公馆、渣滓洞这两座监狱，还是重庆解放前夕的“一一·二七”惨案，均与当初成立的和后来已撤销的中美合作所毫无干系。
时至今日，许多人仍然不清楚这一机构成立的初衷，对它在抗战中的作用几乎一无所知。毋庸讳言，抗战胜利后，中美合作所培训的人员被当局用于国内的政治斗争，扮演了不光彩的角色，但这与中美合作所无关。中美合作所在抗战中的作用和业绩是值得充分肯定和评价的。