首先从害处比较起。一般意义上的苍蝇（腐食性的麻蝇、家蝇、丽蝇等）对人没什么害处。苍蝇虽然可以携带病菌，但传播能力并不算强，用良好的卫生习惯就能轻松规避风险。蚊子就不用多解释了，最强病媒动物没有之一，杀死人类数量最多的生物（排名第二才是人类自己）。
然后来谈谈益处。苍蝇对生态系统和人类来说都非常重要，动植物遗体、排泄物的分解主力之一，其他很多动物的食物来源，对于侦破犯罪也非常有帮助。研究腐食性苍蝇的人十个里十一个做的都是法医昆虫学，即通过研究受害者身上的苍蝇推断犯罪时间。反之，研究怎样消灭苍蝇的研究者……我还没接触到过。人畜寄生蝇和某些果蝇、实蝇等才是防治工作里的大头，腐食性苍蝇对人的好处远远大于害处。
那蚊子呢？
以前果壳有篇文章认为蚊子在生态系统中的作用很小：假如蚊子灭绝了，生态系统会不会崩溃？蚊子在淡水系统里扮演的角色不算重要，而且它们偏好临时小水体（一小洼积水什么的）；摇蚊才是更加重要的淡水一级消费者。成虫虽然是其他动物的食物，可其他小型飞虫也可以扮演同样的角色。但考虑到现在人类在生态系统中的特殊地位，蚊子实际上扮演了控制食物链顶端物种——也就是人——过度繁殖的角色。
当前的疟疾、黄热病等疾病的重灾区，同时往往也是生物多样性最后的避难所；虽然这么说有悖人本主义，但是蚊子无疑起到了妨碍人类过度破坏自然资源的作用。
如果到各个学校的昆虫系走一走就会发现，做苍蝇的都是在利用苍蝇帮助人类（法医昆虫学），而做蚊子的则旨在消灭蚊子（病媒昆虫学）；这可以间接反映出这两类昆虫和人类的利害关系。就个人来说，我是喜欢苍蝇远胜过蚊子的。如果你还没看够你和各种生活小窍门，仅隔一道“果壳传送门”。