治理城市交通拥堵、空气雾霾和雨洪内涝这三大城市病的治本之策是多管齐下、综合治理，其关键在于建设城市地下交通和排洪系统。中国城市交通拥堵、空气雾霾及雨洪内涝之严重，已成为我国建设环境友好型城市过程中的最不和谐音符。治理交通拥堵必须标本兼治。世界发达国家城市治理的历史经验表明，惰政思维、急功近利的做法只能治标，不能治本。
治本必须转变传统思维，要从产生交通拥堵、空气污染及雨洪内涝的根本原因入手，立足大思路、大手笔，才能产生大效果。
城市交通拥堵的根本原因是交通需求与交通供给的失衡。治理拥堵，必须从科学地抑制交通需求和提高交通供给两方面入手。科学抑制城市交通需求首先要控制城市规模。为控制城市规模，我们必须树立科学的首善理念。科学抑制城市交通需求，还必须实施面向交通的城市规划模式。科学提高交通供给能力，首先是发展大容量快速轨道交通，以抑制私家车的出行需求。
城市空气污染的根本原因是工业污染和汽车尾气，而后者已超越前者成为城市PM2.5超标的主因。治理工业污染，可以关、停、并、转高能耗、高污染企业，实现能源转型与产业升级。建设地下轨道交通和地下物流系统，其运转工具为电力驱动，从根本上消除了尾气污染。
中国城市雨洪内涝严重的根本原因，一方面在于客观上地球气候极端异常、暴雨强度和频度增加，另一方面在于城市化的快速发展，城市面积快速增大，不透水地面占比极高，排洪系统难以适应。
应对地球气候之异常，非一国一时之力所能胜任，我们能做的就是加强城市建设对暴雨雨洪的适应性措施：一方面通过透水铺装建设透水路面、下凹式绿地、雨水花园、植草沟等，尽可能扩大城市透水地面占比，以建设海绵城市来科学抑制城市的排洪需求；另一方面是科学提高城市排水系统的排洪能力。
综上所述，治理城市交通拥堵、空气雾霾和雨洪内涝这三大城市病的治本之策是多管齐下、综合治理，其关键在于建设城市地下交通和排洪系统。