《赛先生》近期相继刊登中国工程院院士樊代明论医学与科学关系的文章，以及方舟子对樊文观点的批评。在此过程中，《赛先生》编辑部同事和读者都曾表达多种意见。其中，有些是对文章的意见，有些是对作者的意见，也有对《赛先生》是否应该发表这些文章的意见。我们看到，这些意见从同意文章/反对文章、支持作者/反对作者、支持《赛先生》发表/反对《赛先生》发表等诸多方面，表达着各自立场和缘由。
樊代明为中国工程院副院长、第四军医大学前任校长，并非争议人物。他在医疗方面很受尊重，不仅其专长的消化内科在全国医疗界颇负盛名，而且向全国推广应用了一些行之有效的新技术。他就“医学与科学的关系”发表的演讲和文章，是他思考的结果，文章无利益驱动（不是为了经费故意误导国家领导，也不是因为要兜售学问等而误导病人），而是诚恳地表达自己对这一问题的理性思考。
樊代明的文章，估计不会在《自然》《科学》等国际科学期刊上被发表（无论在其研究论文部分，还是新闻评论部分），来自中国的科学期刊，也不会在其研究论文部分进行发表。当然，他也不会作为论文投稿。但是，对于中国的科学或医学期刊而言，如果有评论部分，相信大多数都会很愿意发表樊代明的文章。
大家可以看到，《赛先生》是弘扬科学文化、传播科学知识、进行科学讨论的平台，即便某个问题会有不同意见，会引起争议，我们也会予以刊发。显然，《赛先生》是可以发表樊代明文章的。
樊代明的三篇文章发表后，一般的中国读者（包括拥有自然科学博士学位的读者），大多数对他的文章没有意见，但也有些人很不同意其核心观点和论据。《赛先生》从多个途径了解到这些不同意见，也收到了意见相反的文章。
方舟子的批评文章，有立论，有说明，有论据。原稿带有一些在公众平台不会常用的语气和文字。在方舟子接受对这些文字的更改后，《赛先生》发表了修订版的文章。
方舟子文章发表后，读者和各界反应更加强烈。很多人的意见，是根据读者以前对方舟子的个人好恶而提出的，特别支持他的人称赞《赛先生》仗义，而特别反感他的人批评《赛先生》“有毛病”。一些读者感到，终于有人出来反驳樊文的观点，也有些读者对《赛先生》的这种做法颇为不满。
对此引发的反响，《赛先生》内部也有不同意见。《赛先生》发表两位作者的文章是基于以下考虑：1）樊文思考广度和深度显然高于中国医学界平均水平，方文理性发言、批评有据。《赛先生》发表这些文章，是反映中国科学界相关人群在相关话题上实际存在但未能公开讨论的不同意见；2）《赛先生》应该给显著存在的不同意见提供理性讨论（争论）的空间，尝试与作者和读者共建理性社会。