日前，方舟子在《赛先生》发文批评了中国工程院院士樊代明的文章，特别是批驳了其“医学不是科学”的观点。在这一点上，方舟子先生没有搞清“医学”与“医学科学”的关系，从而可能弄错了批判对象。医学是以治病救人为目的发展起来的一门学科（注意是一门学科而不是一门科学）。由于医学的主要对象是人而不是自然界的其它客观事物，因而和自然科学不同，非科学的因素也必然渗透进医学的范畴。
与纯粹的自然科学不同，任何和人相关的学科都或多或少地渗透有非科学的因素，如哲学、艺术等。方舟子在批评樊代明一文时举了一个例子：“打一个比方，要设计、建造一座建筑离不开力学知识，但是力学不是万能的，有些建筑是建不起来的，而且在设计、建造建筑时，还要靠经验，还要受到美学、经济、社会、环境等其他因素的影响，那么樊院士是不是要认为力学不应该是科学，至少不应该是纯粹的科学？
”这里，方舟子明显将一个具体的自然科学分支（力学）与一个综合性学科（医学）作为比较对象，这是不恰当的（顺便说一句，方舟子甚至没有区分建筑力学与物理力学）。与医学处于同一层面的学科至少是建筑学，而建筑学显然包括很多非科学的因素，比如建筑美学。如果说建筑学是一门纯自然科学，恐怕没有人会同意。近代自然科学发展以后，给医学带来了巨大的变革，促进了医学的科学化。
数学、物理、化学、生物学和其它自然学科的研究成果和研究方法，被逐步引入到医学中并形成了完备的体系。同时，非自然科学的学科如哲学、伦理、历史、艺术等，也与医学逐步结合并在医学学科的发展中发挥了重要作用。举一个最简单的例子，去医院看病时，精确的检查和合理的治疗是科学带给患者的益处，而医护人员对患者的关爱却是人文的支持。
每个有临床经验的医生都知道，有时医生的一句鼓励或安慰对患者的作用可能不是药物能够替代的。如果把医学仅仅作为一门自然科学，恐怕就和把病人当做实验室的老鼠没有什么区别了。抽离了非科学的因素，医学便会沦为冷冰冰的治病工具。方舟子先生拥有生物化学博士头衔，却不理解“生物化学”其实只是将生命剥离后留在试管中的“死物化学”。生物化学能够研究糖代谢的通路，却不能告诉糖尿病患者要少点社会应酬多点体育锻炼。
如今的每一所医学院，都在教授医学人文学课程，甚至在科学越发达的地方，其医学教育对非科学的重视程度也越高。医学从来都不是也永远不会是纯粹的自然科学。方舟子将“医学”与“医学科学”划上等号，是他误解樊代明院士的主要原因。一名合格的医生，不但需要扎实的科学素养，同样也需要高尚的人文情怀。我想，方舟子先生去医院看病时，大概也不仅仅是为了拿到一张写满数值的化验单吧。