杨梅其实一直就容易生虫。在杨梅的种植地区和经常吃杨梅的人当中，这不算什么新闻。杨梅容易生虫和它的果实特点有关。杨梅的果实中，我们吃的部分是它外果皮上的衍生物——外果皮外层细胞柱状突起形成的柔软多汁的组织。也就是说，杨梅可食部分已经是果实的最外层，外面没有果皮可以起到保护作用。因此，虫子可以轻易侵入果实中产卵。像杨梅这种情况的果实，在水果界并不常见。
其它水果因为有果皮的保护，虽然也会生虫，但不像杨梅这么严重。另一种杯具的果实是无花果，它的表面有一个洞，直通内部，因此和杨梅一样防御力弱。有一种榕小蜂常常钻到它的内部居住。杨梅中的小虫子主要是果蝇的幼虫。果蝇其实大家都见到过，夏天厨房的垃圾桶上空常常飞舞着的那些很小的飞虫就是果蝇。果蝇是在杨梅成熟变软之后前来产卵的。生的杨梅不能成为果蝇的食物。
果蝇的幼虫并没有特别的毒性，万一不小心吃下去也不会有太大的危害。很多人吃杨梅时并不在意其中的虫子，连梅带虫吃下去也不以为意。至于网上说它“富含营养物质”云云，只是自我安慰的调侃之语，不必当真。杨梅最好还是在吃之前，用泡盐水的方法将虫子除去，这一招十分有效。农业上对于杨梅的虫害问题，除了农药以外并没有什么特别好的办法。由于农药残留可能会带来严重健康隐患，杨梅种植中是不可以直接对着果实喷洒农药的。
不过有一些其它的治虫手段，比如用药物对杨梅园进行除草、清理落果，以减少周围果蝇生存的条件；或者向地面喷烟以熏杀果蝇成虫；或使用诱饵来诱杀成虫等。当然，这些方法都不能保证清除全部的虫子。因此，买来的杨梅中藏着一些虫子，这是难以避免的。