2015年5月8日，《赛先生》报道了发生在2014年的日本“万能干细胞论文造假事件”至今对日本科学界造成的多方面附带损害，其影响仍在持续蔓延。报道称：科学不端事件的曝光往往会导致附带损害：它们会连带责任作者的同事和共同作者受伤害，还会导致实验室被关停。但是，此次发生在日本理化学研究所发育和再生科学综合研究中心（简称CDB）的案例，激起了异常强烈且波及面甚广的余震。
文章指出，此次学术造假事件的波及范围已远远超出了核心区域，整个日本科学界目前都在作着准备，应对此次事件带来的反对学术不端行为的相关政策。
对于这起学术造假事件及其产生的连锁反应，《赛先生》予以了持续关注和跟踪报道，通过对任职于理化学研究所等日本科研机构的多位人士以及国内外相关学者的深入采访，为读者呈现此次“学术地震”对当事人、理化学研究所乃至整个日本科学界造成的深远影响。
2015年春天，日本迎来樱花纷飞的最美季节。而日本理化学研究所（以下简称理研所）却仍在“万能干细胞论文造假”事件的泥沼中挣扎。有的学者因此离开理研所，有的受到处分，原理事长野依良治也在此次事件背景下辞任，虽然他本人一再声明自己的离职与万能干细胞事件无关。持续了一年多的“万能干细胞论文造假”事件余震不断。
小保方晴子，这位曾被誉为“日本的居里夫人”“日本的骄傲”“美女科学家”的科学家，成为了震惊科学界的“STAP干细胞论文造假”事件的主角。长相甜美、精于打扮的小保方晴子，2014年1月在英国《自然》杂志连续发表两篇论文，轰动了日本学界。她和论文的共同作者介绍了他们的研究成果——STAP细胞，称该细胞易于制备且无副作用。次日，该发现登上了日本各大媒体头版，被认为有望获得诺贝尔奖。
小保方晴子由此一跃成为媒体“红人”。然而，媒体的关注很快变换了基调。其研究成果被公布后，STAP细胞引来了科学界的质疑，并最终成为轰动世界的“学术造假”丑闻。曾在理研所工作多年的赵千指出，小保方晴子论文造假最后成为一起震惊世界的学术丑闻，源于理研所对其的过分宣传。
在2015年3月23日的新闻发布会上，前理事长野依良治表示，在理研所内部也存在着竞争。如果各研究所无法拿出研究成果，其研究经费预算有被削减的可能，而小保方晴子的万能干细胞论文造假很可能就是急于拿出成绩的表现。理研所针对STAP细胞事件设置的改革委员会也曾就此作出回应，改革委员会组长岸辉雄公开表示，理研所发育生物学中心似乎对于取得超越诱导性多能干细胞研究的重大突破抱有非常强烈的欲望。
2015年，来自名古屋大学的益川敏英在出席一次活动时，公开批评理研所。他说，理研所是觉得可以利用这篇论文为他们获得预算，所以进行宣传，这是不对的，所以现在才会有那么多乱七八糟的事。媒体将小保方晴子和理研所捧上了天，然后又对他们抓住不放，始终表现出极大的热情。
这件事给理研所的研究员们敲响了警钟。踏踏实实做好研究工作，别老想着哗众取宠。这件事让理研所成为了不诚信的代名词。1983年出生的小保方晴子，2011年便拿到了博士学位，2013年3月，年仅29岁的小保方晴子在理研所CDB成为科学带头人，成为该中心自2000年成立后最年轻的科学家之一。而论文造假事件发生后，小保方晴子本人也表示自己太年轻，经验不足。
在新闻发布会上，野依良治称小保方晴子是一名不成熟的研究者。他表示，不成熟的科研人员收集庞大的数据，处理方法极其草率，缺乏责任感。科研人员之间的合作也存在问题。作为理研所的原理事长，野依良治在万能干细胞造假事件中，他出席新闻发布会亲自应对媒体，他既是调查者也是责任担当者。2014年12月19日，野依良治在理研所官方网站上发布声明称，STAP细胞的研究已跨出科学界，成为了社会性话题。
2015年3月23日，野依良治再次在新闻发布会上道歉，并宣布辞职的消息。外界猜测其辞职是为万能干细胞造假事件负责，但是他本人对此予以否认。对于野依良治在该事件中的表现，一些日本媒体并不满意，甚至有媒体直接用包含“怠慢、懒惰、无资格的领导”等字眼的标题来描述野依良治。
有知情人士告诉日本《选择》杂志，早在2014年6月5日，作为万能干细胞论文共同作者的山梨大学教授若山照彦，原计划次日公布从小保方晴子那里拿到的STAP细胞的分析结果。理研所总部得知此事后，要求与其会面。在理研所的会议室里，理研所全体理事和CDB中心的所长全部参加了这个会议。在会议上，若山照彦对分析结果进行了详细说明，但遭到野依良治质问，他说，“在理研所不要做些无谓的事情”，并最终表示会延迟会谈。
与小保方晴子“学术女神”等称号一起消失的，还有理研所原本要迎来的“特殊国立科学技术开发法人”身份。有日本媒体认为，理研所捧红小保方晴子和该研究所正在准备成为“特殊国立科学技术开发法人”不无关系。理研所具有独立行政法人资格，使其能够脱离日本文部科学省的行政管理控制而变得愈加具有活力。成立于1917年的理研所历史悠久，是目前日本国内唯一的自然科学系综合研究院所，至今已经先后产生了十余位诺贝尔奖得主。
在小保方晴子事件发生之后，理研所的改革计划被取消，理研所的研究性质也发生了变化。2015年4月1日，理研所从独立行政法人变更为国立研究开发法人，二者最大的不同是，之前计划的特殊国立科学技术开发法人只有两家，而国立研究开发法人则有很多家。这样，理研所得到的经费支持较之前的力度肯定会小。
小保方晴子所在的CDB在此过程中实验室分崩离析，9个被划入理研所总部，11个被合并或关闭。
中心的日文名字被改变，不过却仍保留着同样的英文名字。而一切并未结束，2015年4月1日，中心预算40%被削减。研究者们都在努力的想办法改善财务状况。显然，小保方晴子造假事件将是理研所历史上难以磨灭的痛。理研所在日本学术界的地位是很高的，这不仅因为它有悠久的历史，更因为它曾聚集了日本著名的科学家来此开展学术研究并取得了优异的研究成果。
在过去这一年里，理研所先后经历了小保方晴子论文造假被坐实、发育与再生科学综合研究中心副主任笹井芳树自杀、CDB被重组、就连原小保方晴子万能干细胞事件调查委员会负责人石井俊介也被发现其2007年的论文图片存在问题等不幸事件。此外，因论文造假事件，日本文部科学省在对理研所的2013年业务成果评估中给了“最差”评价。同时，理研所也成为民众表达愤怒的对象，甚至有民众给理研所寄去了类似恐吓包裹的东西。
2014年4月14日，日本最高科学政策组织——科学与技术政策理事会（CSPT）呼吁树立研究人员的学术诚信，并要求从制度上防范、应对学术不端，以重建公众对科学的信心。CDB年轻的研究人员虽然和小保方晴子论文造假并无关系，但是仍对自己的名誉可能受损而担忧。小保方晴子论文造假事件曝光后，理研所内部加大了对论文的管理力度：论文的发表必须经过所有合作者的同意；所有的数据都必须同时有纸质纪录和电子纪录。
理研所改革委员会的报告中指出，论文的共同第一作者、发育生物学中心主管笹井芳树，以及山梨大学教授若山照彦在未审查的情况下接受了小保方晴子的论文数据。对此，他们有着不可推卸的责任。此外，改革委还指出，无论是发育生物学中心的负责人还是理研所总部的官员，都对研究结果缺乏必要的监督措施。万能干细胞造假的责任主要在于小保方晴子为首的论文作者，但是理研所并没有在应对方面做好工作。
2014年2月，理研所成立了调查委员会对该事件进行调查，4月1日公布调查结果，称小保方晴子在研究过程中存在“篡改”、“捏造”等行为。此后，理研所组织了由东京大学荣誉教授、材料科学家岸辉雄主持的改革委员会；后又成立由国立遗传学研究所所长桂勲为首的外部专家组成的调查委员会，再次对万能干细胞事件进行调查。直至2014年12月，调查委员会才最终认定小保方晴子的论文存在造假行为。
在小保方晴子离开后，理研所还对小保方晴子追加了“开除”的处分。2015年3月下旬，理研所向小保方晴子索赔60万日元经费，该经费将用于发表《自然》论文。同时，理研所表示，不对其提起刑事诉讼。对于这样的结果，一些科学家仍然心存疑虑。小保方晴子的实验成本约4600万日元，验证实验花费约8360万日元。60万日元对于这个研究而言是很小的一笔钱，这个处分很轻。
2015年4月1日，理研所迎来新任理事长松本紘，原日本京都大学校长。上任第一天，他没有在理研所的和光总部与大家见面，而是通过电话电视的方式发表就职演讲。作为理研所曾经的一员，现为非营利活动法人的石川智久在2015年1月26日下午向兵库县神户水上警察署递交了刑事举报书，对小保方晴子以盗窃罪进行了刑事诉讼，称小保方晴子从山梨大学教授若山照彦的实验室中偷取ES细胞。
石川智久希望通过警察的介入，可以进一步揭开小保方晴子造假和理研所调查的真相，虽然不知警察署会如何处理。对于小保方晴子万能干细胞事件，日本公众的关注也在持续。日本IRONNA网站上对于是否应该提起刑事诉讼进行了公开投票，投票结果显示，多数民众希望对该事件进行刑事告发、继续进一步调查。