性传播疾病（STD）是20世纪40年代的美国卫生官员关注的一个焦点，当时的许多医学研究——包括美国在危地马拉开展的实验——都使用了在今天看来违反伦理的方法。尽管相关的伦理标准已经在过去几十年有所提高，一些临床研究者们却一直在突破科学研究的底线。1941年，在美国加利福尼亚州，一个12月大的婴儿被蓄意感染了疱疹。研究结果遭到一位科学编辑的拒绝，但最后还是登上了1942年的《儿科学杂志》。
1943年，研究表明，青霉素是治疗梅毒和淋病的有效药物。为攻克性传播疾病，美国军方和公共卫生服务部在研究、治疗和宣传上拼尽了全力。1944年，约翰·科特勒在印第安纳州特雷霍特市的一所监狱开展实验，囚犯被感染性病，以测试一种防病技术的效果。1946年，科特勒在危地马拉的实验最终使1308名囚犯、士兵和精神病人接触了性传播疾病。
这支美国研究队伍还从1384名儿童身上抽取血样，以评估性传播疾病的诊断方法。有证据表明，这些受试者并非是自愿参与研究的。1946~1947年，对德国纳粹军医的审判催生了《纽伦堡法典》，法典规定，实验人员必须在实验前获得受试者的同意，在实验中也要避免不必要的伤害。1953年，科特勒在纽约的辛辛监狱开展了一项实验，他给囚犯注射梅毒，其中的一些提前接种了尚处于实验阶段的疫苗。
1956年，研究者在纽约的柳溪州立学校开展了一项长达15年的研究，让那里的智障儿童感染肝炎。1963年，几名医生在纽约的犹太慢性病医院将活的癌细胞注入住院的老人体内，事先没有征得对方的同意。消息传出，舆论哗然，由此引发了一场有关科研伦理的辩论，促使美国政府对科研采取了更严格的控制。1972年，美国政府叫停了在亚拉巴马州塔斯基吉举行的一项长达40年的实验。
实验中，数百名感染梅毒的非洲裔美国人被观察了数十年，其间未得到治疗。2010年，历史学家苏珊·雷弗比揭露了科特勒在危地马拉实验中的腐败行为，促使美国总统奥巴马致歉危地马拉，并对此事开展调查，结果表明，这些实验是“对人伦的肆意违反”。