对我来说，最好吃的食物往往都有一些奇怪的味道：黄瓜虽然很好吃，但当我想找点什么塞进三明治的时候，腌黄瓜才是我的第一选择。平淡无味的白菜腌成泡菜就变得美味多滋，而蓝奶酪毋庸置疑比普通的奶酪更有味道。毛豆？算了吧，味噌汤加一小杯清酒，似乎更对我的胃口。是什么让这些食物变得更加鲜美可口的？答案是细菌和真菌。
食品科学作家哈罗德·麦基（Harold McGee）指出，我们的食物中大部分的营养元素——比如蛋白质，碳水化合物，和脂肪——体积都大得不足以刺激我们的嗅觉和味觉。而在食物中生长的微生物为了满足自身需要，会把这些大分子降解成更小的分子，比如氨基酸，脂肪酸和糖类，使我们得以尝到食物的滋味。为了种群信息沟通和其他方面的需要，微生物还会合成别的化合物，其中一些化合物也赋予食物香气与味道。
利用微生物进行烹饪实验在当下非常流行。著名餐厅“幸运桃”（Momofuku）的名厨张大卫（David Chang）就在纽约建立了一间发酵实验室，研究诸如开心果味噌和木鸡（chickenbushi）之类的新鲜食物（木鸡的做法类似于日本民间对木鱼的做法，即将鸡煮熟，烟熏然后发酵）。
近几年连续登顶世界最佳餐厅的丹麦第一食府NOMA也参与进来，从李子到蚱蜢泥，NOMA餐厅的主厨René Redzepi开始尝试发酵一切东西……
这些大厨对“微生物风土”的概念很感兴趣——由于受到土壤、气候以及其他环境因素的影响，每个地方出产的事物都有其独特的风味。尽管“风土”更常用于形容葡萄酒，但微生物群落的地域差别也可能导致纽约产与法国产奶酪的味觉差异。然而，来自哈佛大学的微生物学专家瑞秋·达顿（Rachel Dutton）指出，尽管实验室很关注微生物的“风土”，但目前仍未有证据证明这种特征的存在。
有两种青霉菌是以奶酪的名字命名的，路凯夫青霉菌（Penicillium roqueforti）是其中一种。它赋予路凯夫奶酪（还有高贡佐拉奶酪、斯蒂尔顿奶酪以及丹麦蓝芝士）独特的辛辣香味。据达顿介绍，将这种青霉菌加到牛奶中，它们就会开始繁殖。为保证霉菌生长所需的氧气，奶酪工人会在奶酪表面用金属刺戳出小孔。霉菌会沿着这些孔洞生长，在奶酪上留下美丽的蓝色斑纹。
另一种获此殊荣的青霉菌是卡芒贝尔青霉菌（Penicillium camemberti），它会在卡芒贝尔奶酪表面上留下天鹅绒般柔软的白色印记。达顿说：“卡曼贝尔青霉菌的生长为奶酪带来了蘑菇的香气，并使奶酪具有粘稠的质感。”如果你逛奶酪商店的时候路过法国奶酪区，你很可能会看到一些看起来像是脑子或是煤块一样的东西——那是白地霉（Geotrichum candidum）的杰作。
“这是一种很奇怪的酵母，”沃尔夫说，“大部分酵母我们看不到，因为它们的细胞单独分散存在，就像细菌那样。但是白地霉会聚集在一起形成像霉丝一样的结构”，它们看起来就像是你经常在冰箱里的剩饭上看到的霉菌一样。沃尔夫解释：“白地霉是一种古老的酵母，而酵母是由霉菌进化而来。因此它具有霉菌的某些特征。”白地霉的分布非常广泛，植物上，土壤中，甚至人的身体内部都会生长。它被用于制作臭奶酪。
“它散发的气味很像烂白菜，”沃尔夫说，“在实验室中进行培养时，它会散发让人讨厌的臭味。”如果你曾经造访过旧金山，你也许被劝说吃一口酸面包。这是一种乳酸菌——肠膜明串珠菌（Leuconostoc mesenteroides）——的发酵产物。尽管有“旧金山的酸面包比其他地方更好”这样的传言存在，肠膜明串珠菌却并非旧金山的特有物种。“实际上这种菌哪都有，只是在旧金山被发现的。
”加州大学戴维斯分校的微生物学家玛利亚·马科（Maria Marco）说。事实上，能够产生乳酸的细菌有数百种之多，它们把糖分转化成乳酸。“乳酸是这类细菌的代谢终点”，马科说。“对于它们来说，这基本上是代谢废物。”
别那么快失去兴趣，这些“代谢废物”不仅能使泡菜味道浓厚，也使常见的致病菌难以生存。乳酸类细菌是微生物中少数能耐高盐和低氧环境的种类，一旦它们适应了环境开始大量产生乳酸，其他种类的多数细菌基本上很难生存下去。寿司是乳酸类细菌进行发酵的最早范例之一。现代的寿司往往会在食用时加上少量的醋使之变酸，而在以前的酸味则是由乳酸类细菌发酵得来。
麦基提到，去年他曾搜寻一种叫“鲫鱼寿司”古老的美味，“这种寿司的做法已经很少被人采用，我询问当地人找了好几天，才吃到这样的寿司。”然而，当麦基最后把这种寿司带回酒店大堂准备享用时，却因为寿司的味道太过强烈而遭到了服务人员的驱赶……不过，他仍表示喜欢这种寿司，至少觉得味道十分有趣。“我觉得这是一种介于鱼腥和奶酪味之间的味道。现代的寿司太新鲜干净，古老的做法给人完全不同的体验。”
葡萄球菌（Staphylococcus）在人们的视野里往往伴随着坏事出现，他们中的部分种类是脓肿、食物中毒和各种感染的代名词。但并非全部葡萄球菌都是有害的。某些种类的葡萄球菌能为为奶酪增添黄油的味道，例如亮橙色的木糖葡萄球菌（S. xylosus）就赋予切达奶酪颜色和新的味道。“在实验室中培养时，这种菌落散发着类似奇多玉米片的味道”沃尔夫说。
木糖葡萄球菌和这一属类的其他细菌，例如肉葡萄球菌（S.carnosus），在肉类的发酵中也扮演着重要角色，如意大利香肠的发酵等。