2014年12月19日，日本理化学研究所（RIKEN）召开记者会，就小保方晴子STAP细胞制备论文造假事件的结果做出最后说明。会上公布了小保方晴子在全程监控的状态下重复自己先前实验的结果，数据显示原论文中“成功制备”的STAP嵌合体胚胎一个都没有制备出来。根据先前规定的期限，实验就此终止。相关人员将于2015年3月做出处理结果。
小保方晴子本人没有出现在记者会上，但发布了公开信，信中仍坚持“现在只觉得筋疲力尽，对这样的结果感到非常困惑”，并主动提出辞职。
今年年初，日本理化学研究所（RIKEN）发育生物学实验室的小保方晴子和同事发现，将从新生小鼠身上分离的细胞暴露在弱酸性的环境中，能够使细胞恢复到未分化状态，并使其具备分化成任何细胞类型的潜能。他们将这种现象称之为“刺激触发的多能性获得”（STAP）。
2014年1月29日，小保方团队将两篇研究论文发表在《自然》上——是的，两篇Nature，同一天内。论文一发表就引起学界极大震动，一方面带来一片惊叹声，另一方面也引起部分人的怀疑。争议不仅围绕STAP和两篇论文，也爆出小保方以往论文中就有伪造实验数据、篡改图片的嫌疑。许多顶尖研究者表示他们无法重复出小保方的实验结果，《自然》方面称这一问题已经引起他们的关注。
3月5日，RIKEN向外界公布了更多关于STAP细胞制备过程的详细情况，并表示小保方研究中的其他实验方法将会发表在《自然》期刊的“实验方法交流”（Protocol Exchange）网页上。发言人称：相信这份介绍能帮助其他研究者提高重复小保方实验的成功几率。然而，这份实验方案的放出却引来了更多质疑——有其他研究者指出，RIKEN公布的这些步骤内容与已经发表的内容不一致。
4月1日，RIKEN宣布小保方晴子在研究中存在捏造、篡改等学术不端行为。共同作者虽无学术不端行为，但由于未能发挥把关作用也“责任重大”。小保方晴子的律师转达了她的反应：“无法服从最终报告。”并称她倍受打击正在休养。4月9日，身处漩涡中心的小保方晴子终于现身，在大阪召开了记者招待会，公开道歉但不服调查结论。
她为自己给包括研究所和同事等人带来的麻烦致歉，但一再强调STAP细胞的真实性，并对研究所的调查结果表示不服，声明不同意撤稿。
5月28日，小保方晴子终于同意了撤回关于STAP两篇论文的其中一篇。曾经要求撤稿的共同作者笹井芳树表示“我不会反对撤稿。”然而讽刺的是，小保方晴子同意撤回的并不是RIKEN调查发现存在篡改行为的那一篇——她仍然坚持那篇建立STAP细胞制备方法的论文是正确的。
6月3日，最新检测结果显示，STAP干细胞根本不存在！若山照彦提供了20个干细胞系（包括小保方的8个在内）给一家匿名的独立遗传分析小组，小组进行基因检测之后，给STAP判了死刑：所有干细胞系都与论文声称的小鼠品系不符，STAP不存在。
7月2日，《自然》杂志将两篇STAP论文撤稿。7月17日，早稻田大学宣布小保方晴子的博士论文“未达博士标准”，但并不撤销已颁发的博士学位。
8月5日，一直力挺STAP的小保方晴子导师、被认为有望获诺贝尔奖的干细胞界顶尖专家笹井芳树自杀。STAP丑闻一直沸沸扬扬，显然已毁灭性地重创了笹井芳树的职业生涯，他曾致信《华尔街日报》称自己“被耻辱感淹没了”。据称，芳树留给小保方的遗书中仍在嘱咐她“一定要再现STAP细胞啊”……
9月12日，首个临床试验获批：iPS终于能被用于人体。
9月有个小插曲，虽然STAP备受质疑，但RIKEN发育生物学中心的另一个项目：诱导性多能干细胞（induced pluripotent stem cells，iPS）获批临床试验，一位患有眼部疾病的病人将会成为世界上第一位接受iPS细胞治疗的人。10月7日，早稻田大学或将撤销小保方晴子博士学位，相关人员牵连受罚。早稻田大学召开发布会宣布：小保方晴子的博士学位或将取消。
但由于是校方让存在问题的论文作为通过了审查，因此大学方面也负有一定责任，校方还是选择暂缓这一举措。
12月18日，理研官员称小保方晴子未能再现STAP细胞。RIKEN限小保方在11月内重复STAP实验，并全方位监控实验过程。就在12月18日，RIKEN宣布在小保方晴子亲自参与的STAP细胞制备实验中，研究人员未能再现STAP细胞。
12月19日，记者会召开，RIKEN宣布STAP细胞实验没有再现，根据这个结果，实验终止。2015年3月将会出最终处理结果。小保方晴子本人没有出现在记者会上，但发布了公开信，仍坚持“现在只觉得筋疲力尽，对这样的结果感到非常困惑”，并主动提出辞职。