全球变暖、降雨变化以及病虫害威胁世界各地的咖啡种植产业。《环球科学》2014年11月号的《咖啡危险了》，报道了日前的咖啡危机，以及科学家们的应对措施。目前，世界各地种植的咖啡高度同源，因此在环境变化面前显得尤为脆弱。研究人员正在对野生咖啡植株的遗传多样性进行研究，以期通过杂交育种培养出适应性更强的品种。科学家已经对约125个咖啡品种进行了研究，但这无疑远远不够。
以下是科学家正在研究的几个代表性品种。阿拉比卡咖啡树（coffea arabica）是占全球咖啡产量70%的阿拉比卡咖啡的原料。卡尼福拉咖啡树（coffea canephora）通常称作罗伯斯特咖啡树（robusta），是另一种种植类咖啡。因其味道苦涩，该咖啡主要用于低端产品中。
卡里尔咖啡树（coffea charrieriana）研究人员宣称，他们在喀麦隆（Cameroon）首次发现这种天然的、不含咖啡因的咖啡种类。翅果咖啡树(coffea pterocarpa)2009年于马达加斯加岛（Madagascar）发现的一种咖啡种类，会结出奇异有翼的果实。
安汶吉尼士咖啡豆(coffea ambongenesis)上图左边为安汶吉尼士咖啡豆，右边是在马达加斯加岛最新发现的另一种咖啡豆，阿拉比卡咖啡豆的缩小版。欧基尼奥伊德斯咖啡树（coffea eugenioides）阿拉比卡咖啡起源于上图欧基尼奥伊德斯咖啡树和来自埃塞俄比亚（Ethiopia）的卡尼福拉咖啡树二者的杂交品种。