目前，我国有事业单位111万个，涉及教科文卫、农林水、广播电视、新闻出版等多个领域，事业编制3153万人。1989年财政部颁布的《关于事业单位预算管理的若干规定》明确事业单位实行全额拨款、差额拨款、自收自支“三种预算管理方式”，其比例大致保持在60%、20%、20%。
2011年，中共中央、国务院制定《关于分类推进事业单位改革的指导意见》，该意见于2012年4月公开发布，明确要求事业单位改革“以科学分类为基础”，按照社会功能将现有事业单位划分为承担行政职能、从事生产经营活动和从事公益服务三个类别，再根据职责任务、服务对象和资源配置方式等情况，将从事公益服务的事业单位细分为两类（公益一类、公益二类）。
改革开放至今，我国事业单位改革经历了如下四个阶段：第一阶段（1978~2001）：1978年《人民日报》等报刊提出事业单位进行“事业体制，企业化管理”，这拉开了我国事业单位改革的序幕。上世纪80年代中期改革开始系统展开。
1985年国家连续出台了事业体制改革相关政策：3月出台《关于科学技术体制改革的决定》，4月出台《关于卫生工作改革若干政策问题的报告》，5月出台《关于教育体制改革的决定》《关于艺术表演团体改革的意见》。1996年出台了《中央机构编制委员会关于事业单位机构改革若干问题的意见》。其中，科学技术领域改革在这一阶段处于改革前列。
1992年，原国家科委等部委印发《关于分流人才、调整结构、进一步深化科技体制改革的若干意见》，稳定支持基础性研究和基础性技术工作；放开放活技术开发机构、社会公益机构、科技服务机构；基本完成科技系统的结构调整。同时，要求尊重知识，尊重人才，充分调动和发挥广大科技人员的主动性、积极性和创造性。
1999年，中共中央国务院作出《关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定》，对科研院所改革进行更全面系统的部署，明确各类科研机构改革与发展方向。这一阶段事业单位改革的特点主要表现在：第一，逐步确立以政事分开为主线，以社会化为方向，以分类改革为推进战略。第二，机制僵化、效率低下问题得到一定程度改善。
第三，事业单位快速膨胀问题逐步解决（改革开放以来我国事业单位从1978年的1100多万人，到1990年的2157万人，再到新千年初的3000万人，几乎每隔十年人员膨胀1000万左右）。然而，事业单位改革与政府改革、国有企业改革相比明显滞后，改革过程中出现了一些突出问题：政事不分、企事不分、管办不分、资源配置效率低、服务公平性下降特别是“过度市场化”等。
第二阶段（2002~2006）：中共十六大提出按照政事分开原则，改革事业单位管理体制。紧接着十六届三中全会提出继续推进事业单位改革，十六届五中全会通过的《中共中央关于制定国民经济和社会发展第十一个五年规划的建议》。2006年，中央机构编制委员会办公室经国务院批准，制定了《关于事业单位分类及相关改革的试点方案》，提出事业单位分类框架及分类改革意见并拟选择部分地区开展改革试点。
在此基础上，部分省市拟定了分类改革方案，进行了摸底调查、清理整顿、模拟分类与改革试点工作。比如深圳市，2006年的事业单位改革将原有机构按照经营服务类、监督管理类和公益类“一分为三”，分别实行转成企业、纳入行政序列、保留或撤销等不同方式进行分类改革；518家市属事业单位被分类归位：28家纳入行政管理类，124家转为企业，27家撤销，339家予以保留。
相应的，人事制度、收入分配制度、养老保险制度和财政政策等方面改革不同程度推进。2006年2月9日，原人事部发布实施《事业单位公开招聘人员暂行规定》，首次对事业单位人员招聘进行专门规定。
在2002年启动并不断推进聘用制的同时，2006年11月启动岗位设置管理制度实施工作，聘用制度、岗位管理两大基本人事制度开始形成，为由固定用人向合同用人转变、由身份管理向岗位管理转变，实现职务能上能下、人员能进能出、待遇能高能低奠定基础。2006年7月起改革事业单位工作人员收入分配制度，建立岗位绩效工资制度。养老保险制度和财政政策改革也进行了探索与局部试点。
第三阶段（2007~2011）：中共十七大提出加快行政管理体制改革，建设服务型政府，并提出加快推进事业单位分类改革。十七届二中全会《关于深化行政管理体制改革的意见》指出，要按照政事分开、事企分开和管办分离的原则，推进事业单位分类改革。2008年11月中央编办印发《关于事业单位分类试点的意见》。同年，山西、上海、浙江、广东、重庆进行事业单位分类改革试点。
人事制度方面配套改革继续推进，一是聘用制度推行面不断扩大，截至2011年全国签订聘用合同的事业单位工作人员达90%；二是岗位设置管理制度实施工作全面推开，全国31个省区市都已经开始实施；三是公开招聘制度稳步实施，全国参加事业单位公开招聘的有1850多万人次，实际聘用184万人。
收入制度方面，2009年事业单位实施绩效工资，分三步展开：从2009年1月1日起在义务教育学校实施；配合医药卫生体制改革，从2009年10月1日起在公共卫生与基层医疗卫生事业单位实施；从2010年1月1日起，在其他事业单位实施。
第四阶段（2012年至今）：2012年4月16日公开发布《中共中央、国务院关于分类推进事业单位改革的指导意见》，对改革的重要意义、指导思想、基本原则、总体目标与主要内容等进行整体部署，强调以科学分类作为改革基础，按照社会功能将现有事业单位划分为承担行政职能、从事生产经营活动和从事公益服务三个类别（以下简称行政类、经营类、公益类），其中，公益类事业单位根据职责任务、服务对象和资源配置方式等情况细分为公益一类、公益二类。
改革的阶段性目标是到2015年在清理规范基础上完成事业单位分类。总体目标是到2020年，建立起功能明确、运行高效、治理完善、监管有力的事业单位管理体制和运行机制，构建政府主导、社会力量广泛参与的公益服务新格局，形成基本服务优先、供给水平适度、布局结构合理、服务公平公正的中国特色公益服务体系。中国共产党第十八次代表大会进一步提出分类推进事业单位改革的要求。
十八届三中全会通过的《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》，提出加快事业单位分类改革，理顺事业单位与主管部门关系、建立事业单位法人治理结构、加大政府购买公共服务力度、建立各类事业单位统一登记管理制度；同时，在教育、卫生、文化、社会保障改革与人才队伍建设等方面提出事业单位改革的具体要求。事业单位改革将在全面深化改革背景下纵深推进。