埃博拉病毒存在于各种动物中，从蝙蝠到鸟类，从猪到豪猪。然而患上埃博拉疾病，和在个体之间或跨物种传播病毒是两码事，而这正是之前西班牙卫生部的一项举措会产生争议的原因——他们从法庭得到指令，将对一位在马德里感染埃博拉病毒的护士的狗实施了安乐死，声称有科学证据表明，狗可以将病毒传给人类。但是我们对哪些动物能够染上并传播这个致命病毒，又了解多少呢？
美国疾控中心的主任汤姆·弗里登（Tom Frieden）医生在周二的新闻发布会上表示：“我们知道在非洲的农村地区，埃博拉可以感染哺乳动物。事实上，病毒就是靠这种方式传播的，从大概是蝙蝠传到了生活在丛林中的其他动物身上，而当地人会捕猎这些动物。”到目前为止，已经在许多丛林动物体内发现了埃博拉病毒，包括丛林野猪、啮齿动物、豪猪以及羚羊。
任何感染了埃博拉并死去的动物都有可能将病毒传播给狩猎者，或是任何以丛林肉为食的人们。
狗至今，还没有埃博拉病毒人传狗或狗传人的病例，只有一项由疾控中心开展的研究，调查狗是不是真的能感染埃博拉病毒。研究检查了2001年到2002年加蓬暴发埃博拉疫情期间，当地狗体内的埃博拉病毒抗体的普遍程度，结果显示狗能够感染病毒，但是不会表现出任何症状，而感染最终也会自行消失。
研究者最终推测“狗可能是人类埃博拉病毒爆发以及扩散的源头”，但是他们并没有验证他们的猜测，即被狗舔、咬或者给狗梳毛等行为是否会将病毒传给人类，而是直接假设狗传播疾病的方式和实验中所用的其它动物一样，也就是在动物体内的病毒被清除之前的一小段时间内，通过唾液、尿液和粪便中携带的病毒颗粒传播疾病。
不过伦敦卫生与热带医学学院的传染病专家大卫·摩尔（David Moore）表示，既然没有狗表现出埃博拉病毒感染后的症状，那么“就没有任何证据说明狗在病毒传播中起了作用”。
蝙蝠世界卫生组织和最近的报告都指出，2014年西非的埃博拉疫情爆发可以追溯到西非的果蝠身上。而在几内亚，果蝠汤是当地的一道美食，但自从埃博拉爆发起，销售和食用蝙蝠肉已经被禁止了。
灵长类动物人以外的灵长类动物，例如猴子，也是携带埃博拉病毒的嫌疑对象。而且和人类一样，猴子也能够死于埃博拉感染。研究表明大猩猩和黑猩猩的数量在埃博拉爆发期间会大幅下降。据估计，2002-2003年间，加蓬和刚果共和国共有约5000只大猩猩死于埃博拉感染。
鸟类有关鸟类中埃博拉流行的数据并不多，但是2002年普渡大学的一项研究发现，埃博拉病毒的结构与几种鸟类病毒的结构非常相似，这意味着鸟类可能会将埃博拉病毒传给人类。研究负责人大卫·桑德斯（David Sanders）说：“虽然不确定鸟类能传播埃博拉，但是由于这些病毒结构的相似性太高，卫生官员们还是应该提高警惕。”
猪在2009年之前，没有人知道猪能携带埃博拉病毒，因为它们完全不会表现出症状。
在菲律宾的一例猪和农民之间传播埃博拉的案例发生3年后，来自加拿大的科学家发现，其实健康的猪也能够在非直接接触的情况下，将最致命的埃博拉病毒株（扎伊尔埃博拉病毒）传给猴子。在猪体内，病毒主要影响肺部和呼吸道，这意味着病毒可以通过空气中的小液滴传播（但并不代表埃博拉病毒会像SARS一样可以通过空气传播）。
然而，研究负责人盖瑞·科宾格（Gary Kobinger）说：“我们还不清楚猪是否在非洲地区的埃博拉病毒传播以及生态系统中起了作用。”
其它家养动物在20世纪90年代开展的多项研究发现，包括豚鼠、羊和马在内的一些动物在实验中感染埃博拉病毒后，没有症状或只有轻微症状。而在野生条件下，从未在这些动物中观察到过埃博拉病毒，但与猪和狗一样，它们似乎不会因感染埃博拉生病或死亡。
科学家还没能确定埃博拉病毒的天然宿主，即自然状态下就会被病毒感染并且成为病毒扩散的主要源头的动物，但是传播病毒则是另一码事。英国兽医协会主席约翰·布莱克威尔（John Blackwell）指出：“既然这种病毒目前仅在灵长类动物（包括人类）和少数几种野生动物体内被发现，那么传播的主要途径应该还是人传人。
”他补充道，狗身上的发病过程和它们在传播病毒过程中的作用还未确定，但是对与确认感染或疑似感染的人接触过的动物实施严格的隔离措施，还是很合理的预防方法。马德里的这名护士和丈夫仍在呼吁不要处死他们的狗，而西班牙政府将会采取什么措施来防止埃博拉病毒的蔓延，还尚待观察。