近年来，杂交水稻品种种植面积日益下降的趋势愈发引起了湖南农业大学教授陈立云的忧虑。他近日对记者表示：“如果再不采取措施，尽快使杂交水稻制种技术与现代的耕作栽培技术相配套，以后可能40%~50%的品种会被淘汰。
”数据显示，我国杂交水稻年推广面积100万亩以上的品种数由2004年最高的59个下降至2012年的29个；主要推广品种中单个品种年均推广面积由1993年的213.3万亩，大幅降至2012年的37.4万亩，降幅高达82.5%。
专家们认为，随着农业技术现代化水平的提高，杂交水稻现有品种无法与现代农业耕作方式相匹配，其成本急剧上升，效益优势正在慢慢被抵消。近年来，杂交水稻推广面积“TOP 10”的榜单，呈现出“品种多、面积少、更新快”的局面。这与玉米品种每年仅1~2个新品种入围形成鲜明的对比，引发农业专家的关注。
育种专家、中国工程院院士朱英国说：“品种同质化比较厉害，种植面积被挤占，好品种的种植面积不断下降。”今年3月份，根据超级稻品种退出规定，农业部决定取消推广面积达不到要求的“协优9308”“武粳15”“龙稻5号”“新丰优22”“培两优3076”“准两优1141”等8个超级稻品种资格。
杂交育种技术经历了由三系杂交稻、两系杂交稻到超级杂交稻的发展历程，对粮食的增产发挥了至关重要的作用。在专家们看来，随着农业生产规模化、集约化、机械化水平的提高，杂交水稻增产的优势正在慢慢被抵消，高居不下的成本已成为影响杂交水稻推广的重要因素。
在中国水稻研究所副所长李西明看来，我国杂交水稻在下游的市场化运作方面缺乏更大的作为，与国内制种技术水平密切相关。他认为，杂交水稻制种技术要与现代的耕作栽培技术相配套，改变杂交种生产规模小、以人工辅助授粉为主、种子质量参差不齐的现状，建立优质安全高效的种子生产技术体系，实行杂交种子生产技术的规模化、标准化和机械化。
在朱英国看来，推广杂交水稻对于粮食增产和粮食安全依旧重要。他指出，科学研究必须要跟上新的生产形势，要在米质以及抗性方面下功夫，培养出更多高产、优质、高效、适合新耕作制度的新品种。对此，陈立云也持相同意见。“新品种的培育和审定需要衡量很多性状，包括米质、增产以及耕作制度等多方面。”他表示，应该在考虑现状的前提下，对这些指标重新进行主次排列，改变既有的增产至上的理念。
也有专家指出，要把现在杂交水稻的科学研究与当前的现代化的生产需求紧密结合。相关科研项目的设定，也应该有新的思路，这样杂交水稻才能焕发青春。此外，进一步提高杂交水稻的市场管理能力，完善种子营销渠道，也势在必行。陈立云说，水稻种子经营利润倒挂现象严重，即渠道占大头，种子科研、生产者占小头。“如果简化这个环节，成本会大大缩减。”他说。