最近一段时间，法国科学家塞拉利尼的“转基因致癌”论文撤稿后未经原则修改和同行评议又重新发表，受到了学术界的强烈批评。但笔者认为，更应该重视的，是此举可能让普通民众头脑中“转基因致癌”传闻被再次强化。为此，我们应本着还原客观真实和尊重科学证据的态度，及时向公众传达有关转基因作物及其产品安全性和潜在生物危害的准确信息。
笔者认为，“实质等同性”原则未涉及转基因生物以外的化学品残留毒性的监管，但其安全性已受到广泛质疑，转基因安全性评价应考虑化学残毒。而“实质等同性”原则也存在被误解或曲解的可能性。
转基因安全性评价应考虑化学残毒。谈转基因的安全性，首先必须区分技术安全性、生产安全性和产品安全性。在转基因作物种植之前，既要评价其对环境的影响（生态安全），也要评价其对人体健康的影响（食品安全）。
其次，谈转基因的安全性，还必须进行个案考量，即具体考虑转入的是什么基因，这个基因能否单独发挥作用。例如，转基因抗虫作物产生的毒蛋白能让取食害虫死亡，而转基因抗除草剂作物则必须与除草剂配套使用，才能清除杂草而不损伤作物。
原则上，不能因为某种转基因生物存在安全隐患就否定一切转基因生物，也不能因为某种转基因生物具有安全性就肯定所有转基因生物都无害。同时，转基因生物安全并不代表其产品就一定安全。例如，即使证明转基因抗除草剂作物中的抗除草剂基因不产生任何有毒产物，也不与人体中的任何成分相互作用形成有毒产物，但与之配套使用的除草剂等化学品残留成分的潜在毒性却不容忽视。
联合国粮农组织和世界卫生组织在1996年给出的实质等同性的定义是：如果一种新的食品或食品成分与已有食品或食品成分基本相同，那么其安全性就可以用相同方式对待，即该食品或食品成分像传统食品或食品成分一样安全。目前，该原则已成为世界各国批准转基因生物的基本准则。
转基因产品标识制度是在实质等同性原则指导下应运而生的，但标识与否以及如何标识，各国的做法不尽相同。中国严格要求按“是”或“否”对转基因食品进行定性标识。欧盟规定转基因成分大于0.9%必须标识。在美国和加拿大，转基因食品均为自愿标识。由此可知，实质等同性仅涉及导入的基因产物，并未对基因以外的生产和加工过程进行规范。
比如，转基因抗草甘膦大豆实质等同于普通大豆，只代表两者所含有的大部分成分相同，仅抗草甘膦基因及其编码的烯醇丙酮酰莽草酸磷酸合酶（EPSPS）除外，但并不代表草甘膦及其他化学品的残留量也相等。因此，对于实质等同性的理解不可任意外延，由非转基因因素（如施用化肥、农药等）引起的化学品超标不能用实质等同性来解释。
草甘膦残留尚未纳入食品监管体系。转基因抗除草剂作物必须与特定的除草剂配合使用才能发挥选择性除草作用，两者“量身定制”，而且强制配套。例如，抗草甘膦作物只能使用草甘膦，而不能换用阿特拉津或其他除草剂。因此，转基因抗除草剂作物的生物安全性与除草剂及其添加剂生物危害是分不开的。
农药残留问题属于食品监管范围，而不是转基因作物审查的必选项。联合国粮农组织就没有考虑用草甘膦残留量来区分转基因与非转基因作物。美国国家农药信息中心提供的资料显示，草甘膦既未列入美国国家食品药品监督管理局的“农药残留监测列表”中，也未列入美国农业部的“农药数据列表”中。显然，草甘膦并不在美国有关部门的监管之下。既然草甘膦不受食品级监管，要么表明其半衰期极短，要么其残留量未超出安全范围。
公开资料显示，草甘膦在土壤中的半衰期为2～197天（平均47天），而草甘膦在水中的半衰期也仅有几天，最多不超过91天。然而，按4.15公斤/公顷施用草甘膦一年后，仍能从所种植的莴苣、胡萝卜和大麦中检出草甘膦残留。目前还不清楚是什么原因导致半衰期后还能检测到草甘膦。
另据《食品化学》最新论文披露，美国爱荷华州超市销售的10个转基因抗农达（草甘膦商品名）大豆品系中，农达及其衍生物胺甲基膦酸（AMPA）的平均含量分别为3.3毫克/公斤和5.7毫克/公斤。
各国规定的食品或饲料中草甘膦的最大残留水平（MRL）有所不同。巴西在2004年已将MRL从0.2毫克/公斤提高到10毫克/公斤。欧盟则将MRL从0.1毫克/公斤提高到20毫克/公斤，美国环保部也采用20毫克/公斤作为MRL上限。因此，上述美国超市出售的转基因大豆的草甘膦残留量尚未超过MRL的规定阈值，可以认为是安全无毒的。目前还没有证据表明低剂量草甘膦可在人体内蓄积并产生累加毒性。
早在2008年，日本的坂本荣光等就用F344大鼠对转基因抗草甘膦大豆进行了为期104周的长期毒性评价。结果表明，饲喂30%转基因饲料的大鼠未显示任何致瘤性及非致瘤性表型变化。
2012年，法国科学家Chelsea Snell等针对转基因玉米、土豆、大豆、水稻、小黑麦对动物健康的影响进行了全面评述，通过分析12个长期（90天至2年）及12个跨代（2～5代）毒性实验数据，他们得出结论：转基因饲料对实验动物没有任何健康危害，并认为90天饲喂实验足以评价转基因饲料的安全性。
不过，在美国和加拿大，为了让作物大面积脱水成熟，农场主会在收割前喷洒草甘膦，这样就有可能造成作物中草甘膦超标。另外，农户在对付耐草甘膦“超级杂草”时，有可能大幅提高草甘膦的用量或增加施用次数，这也会增大作物中草甘膦的积累量，一旦超过阈值就会威胁人体健康。因此，建议相关部门在检测转基因作物安全性时，应增设草甘膦残留检测项目，并制定相应的安全标准。