3月27日，自然杂志出版集团发布去年全球科研机构发表学术论文的自然指数排行，中国科研机构与高校排名均大幅提升，中科院超越东京大学位居亚太区首位。不过，专家们对此表示，进步毋庸置疑，改革仍须深化。
“不以论文数量论英雄”已成当今我国科技界的共识，但自然杂志出版集团的自然指数排行一经发布，仍然在国内科技界引起一阵波澜。3月28日，中国科学技术发展战略研究院发布的《国家创新指数报告2013》，再次引发人们对于我国整体科研实力的讨论。该报告显示，中国的国家创新指数排名在全球40个主要国家中升至第19位，比上年提高1位。
专家们在接受《中国科学报》采访时表示，尽管评价指标仅限于“《自然》家族”，但其排行仍能在一定程度上反映出我国整体科研实力的提升，科技界仍要踏踏实实搞科研，科技体制改革也需要进一步深化。
自然杂志出版集团已经连续多年发布自然指数排行，统计各科研机构过去12个月内在《自然》杂志及其子刊发表文章的数量，发表的文章仅包括科研文章，例如论文、快报、通讯和述评。此次进入全球前100名的中国科研机构和高校有5所，分别是：中科院、中国科技大学、清华大学、北京大学、深圳华大基因研究院。
在中国科技信息研究所研究员武夷山看来，自然杂志出版集团发布的排名“对其本身的商业性运作意义更大”。
“要想全面反映科研机构的科研实力，只看几十种期刊是不够的。”武夷山接受《中国科学报》采访时说，中国科学技术信息研究所每年发布的论文与引文数据，选用的是SCI、Scopus、EI、Medline等数据库，不仅数据库规模更大，评价的指标也更多，包括论文总量、被引用次数、平均每篇文章被引用次数、高被引文章数、表现不俗论文数等。
武夷山认为，即便如此，该排行仍能从一个侧面反映出我国整体科研实力的提升，“这个排行与我们发布的结果指向同样的趋势，从多项指标来看，我国的科研机构与高校整体实力的进步是肯定的”。
根据自然指数排行数据，中科院2013年共有165篇论文发表在《自然》杂志及其子刊，自然发表指数为63.15，排名亚太地区第一名，全球第六位，这也是中国科研机构首次晋级自然指数全球前十位。
记者从科学网上注意到，网民对于“中科院超越东京大学，在亚太区自然指数排名第一”一事讨论颇多。武夷山告诉记者，“相对说来，中科院的环境比高校更自由宽松，研究所实行所长负责制，将科研放在第一位，更加有利于创新与科研”。
多次参与中科院研究所评估工作的中科院科技政策与管理科学研究所研究员周建中接受《中国科学报》采访时表示，中科院创新能力与科研实力的提升得益于评价导向的转变。“以前我们的评价更加注重论文数量，我们提出基于重大产出的评价导向体系后，评价关注高水平的文章，鼓励大家进行高水平的研究、有显示度的工作。”周建中表示。
周建中告诉《中国科学报》，中科院近年来的大动作如卓越中心建设、率先行动计划的推进，将进一步促进重大成果的产出。
“我不关注这些问题，包括我自己在《自然》上发了多少论文都没关注。”中科院院士、北京大学教授程和平接受《中国科学报》采访时坦言。当得知中国的科研机构已经在自然发表论文方面超越日本成为亚太区第一时，程和平说：“不要觉得我们现在的科研水平很高，我们在很多方面比美国、日本等国家差远了，要坚持踏踏实实做科研、鼓励科研工作者做原创的东西，不能老是关注那些数据。”
“踏踏实实做科研”，专家们在接受采访时均提到了这句话。“不要老是瞪着这些指标而作努力，踏踏实实地做科研，科研做好了，指标自然就上去了。”武夷山如是说。
周建中告诉记者，他承担过一个科技领军人才选拔与培养的项目，研究发现PI级别、主任级别的科研人员将大量时间与精力用于科研以外的考核、检查等工作，真正用于一线科研的时间不多。他表示，整体科研实力的提升需要一个好的科研环境，大环境的建设要依靠科技体制改革的进一步深化。
“我国经费的投入已经不少，迫切需要在体制方面、用人制度方面改革调整，把大家的积极性发挥出来。”周建中表示，要从制度上给领军人才更多的自主权，“让他们能够有更多的时间组织科研，少一些行政的干扰”。